| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,410,034 | G→A | 8.0% | intergenic (+28/‑99) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,034 | 0 | G | A | 8.0% | 203.2 / 7.7 | 77 | intergenic (+28/‑99) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/41); new base A (3/3); total (32/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
GCCTGACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTGTACCTGAA > NC_000913/4409885‑4410183 | gCCTGACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAg > 1:933947/1‑150 (MQ=255) ccTGACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGa > 1:311152/1‑150 (MQ=255) cTGACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGTCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGAt > 1:1034064/1‑150 (MQ=255) cTGACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGAt > 1:1109764/1‑150 (MQ=255) gACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGAttt > 2:582652/1‑150 (MQ=255) aCTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGATGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTg < 1:250948/150‑1 (MQ=255) cGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGAt < 2:610432/150‑1 (MQ=255) cATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGG‑cttt < 1:1314052/150‑1 (MQ=255) gCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGG‑cttttcat < 1:928969/150‑4 (MQ=255) gATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGATTTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTg < 1:364431/150‑1 (MQ=255) gATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTg < 1:766363/150‑1 (MQ=255) caTGAGGTGATCACCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTg < 2:1146999/149‑1 (MQ=255) caTGAGGTGAGCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTg < 2:1152106/149‑1 (MQ=255) aTGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGt > 1:311026/1‑150 (MQ=255) tGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTc < 2:16453/150‑1 (MQ=255) gAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCt > 1:251988/1‑150 (MQ=255) tttGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCtat < 1:1094319/149‑1 (MQ=255) tGAGCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCATCCCTGAACGTTGCGGTGGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGGGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAg < 1:866212/150‑1 (MQ=255) cAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTgg < 1:1208214/150‑1 (MQ=255) aTCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 2:1296130/150‑1 (MQ=255) tCCCGCTGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCGGAACGGTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCATATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCCGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGa < 2:1082145/150‑1 (MQ=255) cccGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACAGGAATTTGCTTATATCAAGCTGTGCGCCAGCACAGCTAATTTATCAGATTTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TGTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGAt > 1:197574/1‑150 (MQ=255) cGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATaa > 1:723853/1‑150 (MQ=255) gATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAt > 1:1268888/1‑150 (MQ=255) tGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTa < 2:99736/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACg < 1:511109/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGCGTTGCTTGCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCATAATTTTGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACg < 1:1230933/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACAGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGt < 1:185625/150‑1 (MQ=255) gCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCa > 2:1021152/1‑150 (MQ=255) gTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGaaaa > 2:764593/1‑150 (MQ=255) ttcCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGTAATTTGCTTATGTGACGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCATAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTc < 1:675904/150‑1 (MQ=255) ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAtt > 1:113645/1‑150 (MQ=255) ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGCTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCAATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAtt > 2:139302/1‑150 (MQ=255) cTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGTATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAttt < 1:667203/150‑1 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTaa > 1:163444/1‑150 (MQ=255) ttCGGTTGCTACCGGAAATTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCATCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGAAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAata < 1:978439/150‑1 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATTAAAAGCCATCCACTTTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAatat < 2:215864/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATAttt > 2:722162/1‑150 (MQ=255) 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aaGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAAc < 2:1169267/150‑1 (MQ=255) gCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTg > 2:1228204/1‑150 (MQ=255) tCCAGATTTGTATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTGTAcc < 1:1186799/150‑1 (MQ=255) tCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTGTAcc < 2:1161213/150‑1 (MQ=255) tCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTGTAcc < 1:837753/150‑1 (MQ=255) gATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTGTACCTGaa > 2:918899/1‑150 (MQ=255) | GCCTGACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTGTACCTGAA > NC_000913/4409885‑4410183 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |