| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 151,688 | C→G | 9.0% | V182L (GTA→CTA) | yadL ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 151,688 | 0 | C | G | 9.0% | 1146.4 / 12.5 | 356 | V182L (GTA→CTA) | yadL | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (193/124); new base G (2/37); total (195/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
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ttGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAAAACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTg < 1:3902760/150‑1 (MQ=255) tGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAg > 1:6521640/1‑110 (MQ=255) gTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCt > 2:1800775/1‑150 (MQ=255) tttCCGGTTTTATTTTTTC‑CCCCGCCCCGGCGTGCCCTCAGCGGATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTc < 1:5298373/150‑1 (MQ=255) ttACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGGGCACTCATCGGATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTg < 2:2257535/78‑1 (MQ=255) tACGTTTTTTTTTTTTC‑CCCCGACCAGGCGTGCACTCAGCGTATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCa < 1:1418310/150‑1 (MQ=255) tACGTTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCa < 1:701935/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCTGGCGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCCGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGa < 2:654839/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGa > 1:5242227/1‑150 (MQ=255) | AAAACAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGA > NC_000913/151539‑151837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |