| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,888,224:1 | +A | 5.8% | intergenic (+32/‑211) | mnmE → / → tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,888,224 | 1 | . | A | 5.8% | 612.7 / 29.2 | 156 | intergenic (+32/‑211) | mnmE/tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (74/73); new base A (5/4); total (79/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCA > NC_000913/3888076‑3888373 | gAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑a > 1:102251/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGc > 1:1483645/1‑150 (MQ=255) tgctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTACAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAG‑aatgcg < 2:1289962/150‑6 (MQ=255) ctgGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCAGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgc > 2:283469/1‑150 (MQ=255) cgggCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGCACGTACGCGAAATCACCGGGGAAGTGACTTCAGCCGACCTGCTGGGGCGGAGGTTGTCCAGCTTCTGTATTGGAAAGTTACCGCGCTTTCGAAGCCGCATTCTGACGGTCAG‑ATGCGgc > 2:283466/3‑150 (MQ=255) gggCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGgct < 1:1631598/149‑1 (MQ=255) gCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTCTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgcttc < 1:476080/150‑1 (MQ=255) cGGAATCGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTACTCTAAATCACAGTGGAATTAACTTCAGACGACCTGCTGGTGCTGATTTTCTCCATCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGgcttcg < 2:1146735/150‑1 (MQ=255) cGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAACTCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgcttcg > 1:1546402/1‑150 (MQ=255) cGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgcttcg < 2:1042325/150‑1 (MQ=255) cGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGgcttcg < 2:1401820/150‑1 (MQ=255) gAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgcttcgct < 1:1566858/150‑1 (MQ=255) aaGAGTTGCGTCTGGCACAGCACAACTTAAGCGAAATCACCGGGTAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGgcttcgctt < 1:316702/150‑1 (MQ=255) 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aCGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgatt < 2:692486/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 1:1704690/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 2:742546/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 2:429130/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACCGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 2:171148/150‑1 (MQ=255) 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gCATTCTGACTGTCAT‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcac < 2:1286080/150‑1 (MQ=255) cATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTAAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcaca > 2:1630648/1‑150 (MQ=255) aTTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTACTCAACCCTTTTTTTAATCATTAATATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACAt < 2:846417/150‑1 (MQ=255) tCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACAttt < 2:124100/150‑1 (MQ=255) cTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCC‑TTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTaa < 1:418702/150‑1 (MQ=255) tGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTaa > 1:992513/1‑150 (MQ=255) gACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTaaa > 1:440238/1‑150 (MQ=255) agtGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAAc < 2:102251/148‑1 (MQ=255) gTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAAt < 1:1005220/150‑1 (MQ=255) tCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAAtt > 2:685564/1‑150 (MQ=255) cAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAAttt < 2:619266/150‑1 (MQ=255) g‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCa > 1:15826/1‑150 (MQ=255) | GAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCA > NC_000913/3888076‑3888373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |