| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,625,312:1 | +G | 6.9% | intergenic (+21/+23) | ydeJ → / ← dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,625,312 | 1 | . | G | 6.9% | 404.6 / 24.5 | 101 | intergenic (+21/+23) | ydeJ/dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (45/49); new base G (3/4); total (48/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAAC > NC_000913/1625163‑1625456 | gTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGACCTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCATTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATAtc > 1:1448789/1‑150 (MQ=255)gTCTGGTTTGCGGGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATAtc < 2:1207007/150‑1 (MQ=255) tGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTCGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑Ca < 1:1311822/150‑1 (MQ=255) 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cTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTc < 2:1514993/150‑1 (MQ=255) cTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTc > 2:504577/1‑150 (MQ=255) tACACTTCGGTTATGCATTTTGCGGGCGACTGCGCAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCACAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCa < 2:917933/150‑1 (MQ=255) acacTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGGGTTTATATGTTCaa > 1:830776/1‑150 (MQ=255) cTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc < 1:945039/150‑1 (MQ=255) 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taACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGaaa < 1:1474485/150‑1 (MQ=255) aCCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAATCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAgg < 2:907637/150‑1 (MQ=255) aatggCTGGCCT‑GAGATATCGC‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGa > 2:242814/4‑150 (MQ=255) aatggCTGGCCT‑GAGATATCGC‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGa > 2:756524/4‑150 (MQ=255) cAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAAATCGTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGAt > 2:668967/1‑150 (MQ=255) aGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATc < 2:668348/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATc < 1:1546687/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCCT‑GAGATATCGC‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCg > 2:145453/1‑150 (MQ=255) ctggcctggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGcc < 1:937437/150‑1 (MQ=255) ctggcctggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGcc > 1:1414415/1‑150 (MQ=255) 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cGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGaaaa > 1:1380622/1‑150 (MQ=255) gATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAAc > 2:21567/1‑150 (MQ=255) | GTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAAC > NC_000913/1625163‑1625456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |