| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,263,501 | G→C | 6.7% | P54A (CCG→GCG) | tdcD ← | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,263,501 | 0 | G | C | 6.7% | 338.6 / 12.2 | 115 | P54A (CCG→GCG) | tdcD | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/67); new base C (2/6); total (42/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-02 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCG > NC_000913/3263354‑3263647 | cATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTg > 2:1180272/1‑150 (MQ=255) tCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCt < 1:1715302/150‑1 (MQ=255) tCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCt < 2:522346/150‑1 (MQ=255) 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tAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTta < 1:1511890/150‑1 (MQ=255) tAGCTGTGGGGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTta < 2:1237003/150‑1 (MQ=255) cTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTtaata < 1:268597/150‑1 (MQ=255) cTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTtaata < 2:1634904/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTtaata < 1:925614/150‑1 (MQ=255) gggtgAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAAcc < 2:588628/149‑1 (MQ=255) gggagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAAcc > 2:1178747/5‑150 (MQ=255) gtgAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCaa < 1:1309151/150‑1 (MQ=255) tgAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCaaa > 1:1366031/1‑150 (MQ=255) aGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAaac < 2:89366/150‑1 (MQ=255) aGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAAcc > 2:889012/1‑150 (MQ=255) gCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCg < 1:814668/150‑1 (MQ=255) | CATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCG > NC_000913/3263354‑3263647 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |