| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,313,208 | T→A | 5.5% | intergenic (‑30/+134) | rbfA ← / ← infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,313,208 | 0 | T | A | 5.5% | 422.3 / 7.1 | 142 | intergenic (‑30/+134) | rbfA/infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/70); new base A (4/4); total (68/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
ACCGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTAC > NC_000913/3313059‑3313355 | ccGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGtt < 2:737736/150‑1 (MQ=255) ccGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGtt < 2:1080834/150‑1 (MQ=255) cGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTa > 2:1598702/1‑150 (MQ=255) cGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTa > 2:475068/1‑150 (MQ=255) cGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATACTTTCTCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAACGTGCTGTTa > 2:1275259/1‑150 (MQ=255) cGGAAAAGGTGGTCATCATGCCCAGGCGATGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATATC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTa < 1:301646/150‑1 (MQ=255) aaaCGGTGGTCATCATGCGCAGGCGAGTATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATATC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACTCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGcc < 1:133151/150‑1 (MQ=255) aaaCGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGcc < 1:543396/150‑1 (MQ=255) aaaCGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGcc > 2:18188/1‑150 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCTAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCttt < 1:895602/150‑1 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtttt < 2:1039608/150‑1 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtttt < 1:1630342/150‑1 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtttt < 2:1379991/150‑1 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTAACAGCCCCtttt < 2:1404079/150‑1 (MQ=255) ggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCttttt < 2:1430070/150‑1 (MQ=255) ggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCttttt < 1:1486215/150‑1 (MQ=255) tcatcaTGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaa > 1:1015878/1‑150 (MQ=255) catcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaa > 2:1539525/1‑150 (MQ=255) atcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa > 1:1328406/1‑150 (MQ=255) atcatGCCAAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGACATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa < 1:448578/150‑1 (MQ=255) tcatTCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaat < 2:320074/150‑1 (MQ=255) tcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCTCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaat < 1:309151/150‑1 (MQ=255) catGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaatt > 2:41613/1‑150 (MQ=255) ttGCCCAGGCGAGTATCTTTAATTTCACGCGGCCGGCTGAGAGAGATCTCTTTTTTGCATTTCCTTCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaatt < 1:728693/149‑1 (MQ=255) atGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaatta > 1:1293782/1‑150 (MQ=255) tcccAGGCGATGATCTTTAATTTCACGCTTCATGATGTTAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGTCCAAATTATTTCGCCATAATAAATTCTACTGACAAAAAATGGGCTGTTAGGCCCTTTTTAAaattaat < 2:1002666/149‑1 (MQ=255) cccACGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGTTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaatt < 2:1607832/150‑1 (MQ=255) ggCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAg > 2:702892/1‑150 (MQ=255) cGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGt < 2:1515307/150‑1 (MQ=255) tCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAgg > 1:1531/1‑150 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAGTTCTCATGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGATGGGc > 2:1523032/1‑150 (MQ=255) ttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCt < 2:467588/150‑1 (MQ=255) aTTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATATTAAATTCTCCTGACAAAAAAGGTGCTGTTAGCCACTTTTTAATATTAATTTCAGGTGGATGGGCTGtt > 1:1100418/1‑150 (MQ=255) tttCCCGCTGCAGGATGAGAGCGAGCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCGACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTc < 2:1152919/150‑1 (MQ=255) tttCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTc < 1:1677331/150‑1 (MQ=255) cACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAACTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCAGACAAAAAAGGCGCTCTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGCAAGGGCTGTTCACg > 2:68963/1‑150 (MQ=255) cACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACg < 2:1650430/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGt < 2:966991/150‑1 (MQ=255) 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gATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACgcgc < 1:846550/150‑1 (MQ=255) gATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACgcgc > 1:359320/1‑150 (MQ=255) gATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACgcgc < 2:1061897/150‑1 (MQ=255) aTCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGcc < 2:1293782/150‑1 (MQ=255) aTCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGcc < 2:1057818/150‑1 (MQ=255) 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cAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCtt > 2:180458/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTa < 1:215962/150‑1 (MQ=255) aaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTaa > 2:117389/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTaa > 2:244071/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTaa > 2:1072936/1‑150 (MQ=255) 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cTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTa > 2:1227180/1‑150 (MQ=255) tGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGACGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTAc < 2:1515948/150‑1 (MQ=255) | ACCGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTC‑TTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTAC > NC_000913/3313059‑3313355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |