| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,757,945 | 0 | T | G | 6.9% | 538.4 / 21.4 | 194 | intergenic (‑118/+72) | yiaY/selB | L‑threonine dehydrogenase/selenocysteinyl‑tRNA‑specific translation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/67); new base G (9/4); total (123/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
CACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTT‑TTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCA > NC_000913/3757795‑3758092 | acaGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGTCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCAtt < 1:49561/150‑1 (MQ=255) aataaGGAATTAAGAACGTCGAAGCTGCCATAACACACTCCTGTAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGATGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTTTTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTa < 2:1339122/147‑1 (MQ=255) aGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTACTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTaa < 1:794102/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |