| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,141,150 | G→A | 6.0% | intergenic (+164/+32) | flgL → / ← rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,141,150 | 0 | G | A | 6.0% | 423.9 / 9.4 | 135 | intergenic (+164/+32) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/61); new base A (3/5); total (68/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
ATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCA‑TTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAAT‑AAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGAC > NC_000913/1141001‑1141297 | atatCATGAAACTGGGTATTTTTTGTCTGCCTGCTCTGGTATCGCTTGGGCGGGCA‑TTTTTTTTCCTATTTTTCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAAT‑AAAAAAGCCCTGGCAg < 1:496069/150‑1 (MQ=255)atatCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCA‑TTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAAT‑AAAAAAGCCCTGGCAg < 1:489461/150‑1 (MQ=255)atatCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCGCTGGGAGCGCTGTGTCGGGCA‑TTATTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTGGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAAT‑AAAAAAGCCCTGGCAg < 2:168610/150‑1 (MQ=255) 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aaT‑AAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGgcgc > 2:1139544/1‑150 (MQ=255) aT‑AAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCt < 2:1220784/150‑1 (MQ=255) aaaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATTACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGcc < 1:1073480/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCa < 2:687039/150‑1 (MQ=255) aGCCCTGGTAACTGCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTACACTTAGATAGCAAAGGTATGGCGGTGCCAGta > 2:300989/1‑149 (MQ=255) 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cTGGCAGTTACCAGGGATTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACtg < 1:1295070/150‑1 (MQ=255) cAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGTTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGAc > 1:490831/1‑150 (MQ=255) | ATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCA‑TTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAAT‑AAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGAC > NC_000913/1141001‑1141297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |