| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,208,927 | A→T | 5.2% | S65T (TCT→ACT) | tfaE ← | e14 prophage; putative tail fiber assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,208,927 | 0 | A | T | 5.2% | 345.7 / 4.8 | 114 | S65T (TCT→ACT) | tfaE | e14 prophage; putative tail fiber assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/51); new base T (2/4); total (59/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATCGTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCA‑GGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACATCCCCT > NC_000913/1208781‑1209075 | aTCGTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACg > 2:536723/1‑150 (MQ=255) gTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCa > 1:1199528/1‑150 (MQ=255) tATGGAGATAAAGGGGCGTTAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTGTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAg < 1:190815/150‑1 (MQ=255) 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cATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCA‑GGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTta > 1:134647/1‑150 (MQ=255) cATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCA‑GGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTta > 2:860806/1‑150 (MQ=255) gTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCA‑GGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCACGTGTTTCACCATCCTAGTTATAAAc > 1:446265/1‑150 (MQ=255) atgcaaTCTGCCGTTCTGCAGATTTCATAACCAGCCTTATGTGTACCA‑GGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACg > 2:347948/5‑150 (MQ=255) atgcaaTCTGCCGTTCTGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCA‑GGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATTTATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACg > 2:1323720/5‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |