| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,625,306 | C→A | 8.1% | intergenic (+15/+29) | ydeJ → / ← dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,625,306 | 0 | C | A | 8.1% | 270.9 / 10.5 | 96 | intergenic (+15/+29) | ydeJ/dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/48); new base A (3/5); total (43/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAA > NC_000913/1625158‑1625455 | gTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTCAAGGCCACACCTCCACTGCGGTTATGCAGTTTGCTGGCGACTGCGAACCGGTAGTAGCTTACGCGGTGAGGCTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCg < 2:349109/150‑1 (MQ=255) cGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGatat > 1:145747/1‑150 (MQ=255) gTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGACCTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCATTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATAtc > 1:1448789/1‑150 (MQ=255) 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ggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGaa > 1:1504184/1‑150 (MQ=255) cGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGaaaa > 1:1380622/1‑150 (MQ=255) | GTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAA > NC_000913/1625158‑1625455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |