| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,743,157 | G→A | 9.1% | P29L (CCC→CTC) | ribC ← | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,743,157 | 0 | G | A | 9.1% | 258.4 / 11.6 | 88 | P29L (CCC→CTC) | ribC | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/38); new base A (4/4); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.59e-01 | |||||||||||
ACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCT > NC_000913/1743010‑1743306 | aCTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGt < 1:1001411/150‑1 (MQ=255) cTTTTAATTCTCCAAGTTTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAATCTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCATCCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTa < 2:676940/150‑1 (MQ=255) cTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTa > 1:1036276/1‑150 (MQ=255) 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cAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAgg > 1:1367161/1‑150 (MQ=255) cgCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACTCCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAAGTCCTTAAATCAGTTAAGACATTCTGTACAGCACAATAGCAGGt > 1:1215610/2‑150 (MQ=255) cATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGGTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGGTCAGCACAATAGCAGGTgg > 2:900153/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGCAATCAGTTAAGCCATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGa > 1:1384146/1‑150 (MQ=255) gtgGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAAGATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGaaa > 1:1646608/1‑150 (MQ=255) gggTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGccc > 1:498634/1‑150 (MQ=255) ggTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGAAAAACGCCCt > 1:396309/1‑150 (MQ=255) | ACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCT > NC_000913/1743010‑1743306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |