| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,743,163 | T→C | 9.5% | E27G (GAG→GGG) | ribC ← | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,743,163 | 0 | T | C | 9.5% | 230.9 / 12.5 | 84 | E27G (GAG→GGG) | ribC | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/36); new base C (4/4); total (44/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
TTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAG > NC_000913/1743014‑1743312 | ttAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTATCGTTTCTTTCATCAGGTCACAACTGACATGGGTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGGCGGGTAACt < 1:46616/150‑1 (MQ=255)ttAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACt > 1:59625/1‑150 (MQ=255)ttAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACt < 2:566906/150‑1 (MQ=255) 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ccAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAg < 2:1313548/150‑1 (MQ=255) cAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAgg > 1:1367161/1‑150 (MQ=255) cgCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACTCCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAAGTCCTTAAATCAGTTAAGACATTCTGTACAGCACAATAGCAGGt > 1:1215610/2‑150 (MQ=255) cATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGGTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGGTCAGCACAATAGCAGGTgg > 2:900153/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGCAATCAGTTAAGCCATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGa > 1:1384146/1‑150 (MQ=255) gtgGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAAGATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGaaa > 1:1646608/1‑150 (MQ=255) gggTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGccc > 1:498634/1‑150 (MQ=255) ggTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGAAAAACGCCCt > 1:396309/1‑150 (MQ=255) tAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAAATTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTa < 2:59625/150‑1 (MQ=255) aCTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTAcc < 1:1553446/150‑1 (MQ=255) tCCAACACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCTTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCACTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAg < 2:99781/150‑1 (MQ=255) | TTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAG > NC_000913/1743014‑1743312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |