| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,194,645:1 | +A | 6.6% | coding (307/654 nt) | rluE ← | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,194,645 | 1 | . | A | 6.6% | 408.8 / 25.1 | 106 | coding (307/654 nt) | rluE | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (57/42); new base A (2/5); total (59/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CCATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGAACT > NC_000913/1194499‑1194794 | ccATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGGAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCGTCCCCCTGCACATAAGAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑Acc > 2:131845/1‑150 (MQ=255) cATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑Accc > 1:495277/1‑150 (MQ=255) tAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑Aaccca > 1:692161/1‑148 (MQ=255) aCCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCt > 1:1813450/1‑150 (MQ=255) ccACGCGGGTTCGTGAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGACATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTg < 2:255526/150‑1 (MQ=255) cACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTgg > 2:131185/1‑150 (MQ=255) cACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTgg > 1:449009/1‑150 (MQ=255) cACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTgg > 2:1554326/1‑150 (MQ=255) cACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTgg > 1:314075/1‑150 (MQ=255) cACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTgg > 2:64146/1‑150 (MQ=255) cgGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTTTGTGGGAATCCCTTGCACCTGCACATTATAGATTTTACCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTa > 2:87373/1‑150 (MQ=255) ggTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTaaa < 2:1554841/150‑1 (MQ=255) ggTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTaaa > 1:748727/1‑150 (MQ=255) ttCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAAcg < 2:582439/150‑1 (MQ=255) tCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAAcgc > 1:244704/1‑150 (MQ=255) gTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACgcgc > 2:1250854/1‑150 (MQ=255) tCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAACGCAcc < 2:692161/150‑1 (MQ=255) gcAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGcc < 1:386517/149‑1 (MQ=255) cAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTACTGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAACGCAccg < 1:1286097/150‑2 (MQ=255) cAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAACGCAccg < 1:244318/150‑2 (MQ=255) cAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGCCTGGGTTAAACGCGCCt > 1:667474/1‑150 (MQ=255) cAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGCGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAACGCAccg < 2:1426579/150‑2 (MQ=255) aaCCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGGCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGCGCGTTTAACCCAGCCGGG‑TAAACGCAccgg < 1:1187161/150‑3 (MQ=255) 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tCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCAACTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAcgag > 1:975379/1‑148 (MQ=255) tCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCAACATTAAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATCCCTTCCACCTGCACAGAATAGATATTTCCGGTGCGATT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAcgcg > 1:226152/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCg < 2:1187566/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTa > 1:1647887/1‑150 (MQ=255) ggcggGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTAtt > 2:635720/1‑150 (MQ=255) 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ttCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTc > 1:452218/1‑150 (MQ=255) ccTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTa > 1:1067460/1‑150 (MQ=255) ccTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTa > 1:709677/1‑150 (MQ=255) ccTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGGTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTa < 2:1099926/150‑1 (MQ=255) tGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCCCCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAATCACCCTGCACCGGGATGAATTCTTTTAAt > 1:1253292/1‑150 (MQ=255) 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ttt‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGACCCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGaa > 1:926488/1‑150 (MQ=255) t‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGAACt < 1:1554326/150‑1 (MQ=255) | CCATAACCACGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGAACT > NC_000913/1194499‑1194794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |