| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,382,136 | C→A | 5.5% | intergenic (+26/‑64) | degQ → / → degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,382,136 | 0 | C | A | 5.5% | 411.0 / 8.8 | 141 | intergenic (+26/‑64) | degQ/degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/69); new base A (4/3); total (69/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |