| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,757,942 | C→A | 5.3% | intergenic (‑115/+75) | yiaY ← / ← selB | L‑threonine dehydrogenase/selenocysteinyl‑tRNA‑specific translation factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,757,942 | 0 | C | A | 5.3% | 408.3 / 9.0 | 141 | intergenic (‑115/+75) | yiaY/selB | L‑threonine dehydrogenase/selenocysteinyl‑tRNA‑specific translation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/59); new base A (4/4); total (78/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGC‑TTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTC > NC_000913/3757793‑3758091 | ttCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTc > 1:1420079/1‑150 (MQ=255) taacaGAAGGTATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGTGCAGCTTACTGATGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCa < 1:1729120/148‑1 (MQ=255) cacaGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCAt > 2:1531503/1‑150 (MQ=255) 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aacTCCTGAAAGTGTAAAAAAGTGCGGTCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGC‑TTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTg < 1:984489/149‑1 (MQ=255) ccTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGC‑TTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTAtt > 1:872538/1‑150 (MQ=255) taaaGTTTAAAAAAGGGCGGGAAGCTTACTGATGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGC‑TTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAat < 1:202271/149‑1 (MQ=255) taaaGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTAGAAAATATGATCATTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGC‑TTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAat < 2:1617781/149‑1 (MQ=255) gAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTTA‑ACACTGTGC‑TTTATTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTTat > 1:360023/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |