| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,279,508 | T→C | 5.1% | intergenic (+160/‑356) | narK → / → narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,279,508 | 0 | T | C | 5.1% | 353.5 / 6.8 | 120 | intergenic (+160/‑356) | narK/narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/55); new base C (2/4); total (60/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GTCATACTTCGGGTTACATGTGCTGCGGCTGCGTTCATTCACCCCAGTCACTTACTTTAGTAAGCTCCTGGGATTCATTCACTTGCCGCCTTCCTGTAAACCGAATTATATAGAG‑TAAAATATTTGATTATCCTTTGCGCGGCATGATGTCGCGCTTTTTTTATGCGTCATTTAGTTACAACATACTAATGTTATATGGTTTATTTCGCCGGATTTCATTAAGAGCCATTAATATGTTACCCATGGGGAATACTCCTTAATACCCATCTGCATAAAAATCTTAATAGTTTAAATAACTA > NC_000913/1279359‑1279657 | gTCATACTTCGGGTTACATGTGCTGCGGCTGCGTTCATTCACCCCAGTCACTTACTTTAGTAAGCTCCTGGGATTCATTCACTTGCCGCCTTCCTGTAAACCGAATTATATAGAG‑TAAAATATTTGATTATCCTTTGCGCGGCATGATGt < 2:884989/150‑1 (MQ=255) tACTTCGGGTTACATGTGCTGCGGCTGCGTTCATTCACCCCAGTCACTTACTTTAGTAAGCTCCTGGGATTCATTCACTTGCCGCCTTCCTGTAAACCGAATTATATTGAG‑TAAAATTTTTGATTATCCTTTGCGCGGCATGATGTcgcg > 1:449725/1‑150 (MQ=255) tACTTCGGGTTACATGTGCTGCGGCTGCGTTCATTCACCCCAGTCACTTACTTTAGTAAGCTCCTGGGATTCATTCACTTGCCGCCTTCCTGTAAACCGAATTATATAGAG‑TAAAATATTTGATTATCCTTTGCGCGGCATGATGTcgcg < 2:427754/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |