| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,299,270 | C→G | 5.0% | intergenic (+25/‑1912) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,299,270 | 0 | C | G | 5.0% | 453.8 / 12.5 | 140 | intergenic (+25/‑1912) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/55); new base G (2/5); total (80/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCA > NC_000913/1299121‑1299419 | tACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGc > 2:812160/1‑150 (MQ=255) aCGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTTTTGCGGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCACGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGcc > 2:1067116/1‑150 (MQ=255) aCGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGcc < 1:335862/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |