| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 3,945,666 | 0 | T | C | 40.5% | 44.6 / 40.1 | 37 | noncoding (1963/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/11); new base C (9/6); total (20/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGA > NC_000913_3_hsa_tpiA/3945518‑3945716 | aCGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGCCCtc > 2:263401/1‑149 (MQ=17) tgTATNGGGGGTGACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc < 3:99370/149‑1 (MQ=2) tgTATAGGGGGTGACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGc < 2:412795/149‑1 (MQ=2) cGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTACACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGc < 2:344354/150‑1 (MQ=17) cGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGc < 2:166761/150‑1 (MQ=32) gTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCa > 2:313845/1‑150 (MQ=32) ataGGGGGTGACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTGA‑ATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACg > 1:398176/1‑150 (MQ=2) tagggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTGA‑ATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGa > 4:335093/7‑150 (MQ=2) tagggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTGA‑ATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGa > 4:10412/7‑150 (MQ=2) tagggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTGAAGTCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGa > 2:142770/7‑150 (MQ=2) taCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGa > 4:309419/1‑150 (MQ=32) agggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTTAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaa < 3:332694/145‑1 (MQ=2) gggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTGA‑ATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaaa > 3:192873/5‑149 (MQ=2) gggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTGAATTCTGACCCGCACGaaa < 3:178666/146‑2 (MQ=2) ggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTGA‑ATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaaag > 4:101362/4‑148 (MQ=2) ggggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTGA‑ATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAATATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaaag > 1:388455/4‑148 (MQ=2) gggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaaagg > 4:257138/3‑147 (MQ=2) ggtgACACCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGaaaggt > 1:228831/2‑146 (MQ=2) tgACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGTGGCTGTAATTATAACGTTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGt < 3:304800/150‑1 (MQ=255) gACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTa < 2:108203/150‑1 (MQ=32) acaccTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCT‑TTGAATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGGTAAATTCTGACCCGCACGAAAGGTGTaa < 2:396164/147‑1 (MQ=2) aCGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAACTTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTaa > 2:386701/1‑150 (MQ=17) cTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAatgat < 4:246873/150‑1 (MQ=32) cTGCCCGGTCCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAatgat < 1:439194/150‑1 (MQ=17) ccGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGcc > 3:5628/1‑150 (MQ=32) gTGCCGGAAGGTTAAAAGGAGAAGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTGA‑ATTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAACTAATGGTCAGGTATTTTCTGACCCGCACGAAAGGTGTAatgatcccttcg < 1:315164/150‑8 (MQ=2) cGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTCGCGACATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGCCCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGt < 4:195335/150‑1 (MQ=12) cGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGGCGGGTACGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAGGGCCAGGcggg > 2:155899/1‑147 (MQ=255) ggAAGGTTAATTGATGGGGTCAGGGGAAGCGAAGGTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACCGCGGCCGAAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTCTCGGGTAAGTTCCGCCCTGCACGACTGGCGTAATGACAGCCaagacgtc > 2:309653/1‑143 (MQ=11) gAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGtct < 1:210841/150‑1 (MQ=32) gTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCAc < 1:107094/150‑1 (MQ=32) tAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCAccc < 1:126529/150‑1 (MQ=32) tAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCAccc < 3:159639/150‑1 (MQ=32) aaTTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCg > 4:223314/1‑150 (MQ=32) aaTTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCg > 4:223367/1‑150 (MQ=32) gATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑AACGAAGCCCCGCTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGCAGCGAAATTCCTTGTCGGGTGCGTTCCGACCTGCACGAACGGCGAAATGATGCCCAGGCTGTCTCCACCCGacac > 2:507705/1‑150 (MQ=11) caatgttCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACt > 4:187414/7‑150 (MQ=14) tCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGa > 1:608214/1‑150 (MQ=31) | ACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTG‑ATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGA > NC_000913_3_hsa_tpiA/3945518‑3945716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |