| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,604,632 | C→A | A186E (GCA→GAA) | bglJ → | bgl operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,604,632 | 0 | C | A | 98.9% | 298.7 / NA | 92 | A186E (GCA→GAA) | bglJ | bgl operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (52/38); total (53/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACCGACCGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTC > NC_000913_3_pae_tpiA/4604486‑4604777 | gaccgaccgacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGaac > 1:393793/1‑149 (MQ=255)gaccgaccgacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGCACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCGCAAACCCAATATCAAAAAAACCCGTGaac > 2:262459/1‑149 (MQ=255) gacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAAttt > 1:252171/1‑149 (MQ=255) tGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAAt > 2:1109962/1‑149 (MQ=255) tGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACACTCCGAGAACATAAATTTAAt > 1:979622/1‑149 (MQ=255) tGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGA‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAAGATAAATTTAAt > 1:296210/1‑149 (MQ=255) gAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGCGAGCAAAATATTGCGCTTTATGTCAC‑GTGGCTACTCCCGGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAACCGCAATATCAACACGATCCGTGGCAATAACTTTAAtg > 1:662913/1‑149 (MQ=255) aaCAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAAtgt > 2:472452/1‑149 (MQ=255) aaTCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGAt > 1:1371766/1‑149 (MQ=255) aTCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATg > 1:1362918/1‑149 (MQ=255) tGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGaa > 1:1370762/1‑149 (MQ=255) ggTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGaaa < 1:1085706/149‑1 (MQ=255) aCATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATTCAGGCCTGGCGGGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg < 1:710718/149‑1 (MQ=255) tttAACCAAAGCCGGACGGTAAGGCCGACGGGGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAAAGGCCGAGCAGTTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTggg < 2:561867/148‑1 (MQ=255) aTTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAAAGAAATATTTCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCTGATTCAGCGGAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTggg < 1:282009/149‑1 (MQ=255) ttAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGc < 2:808165/149‑1 (MQ=255) ttAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGc > 1:1441601/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAg > 1:1240634/1‑149 (MQ=255) 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tAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAggg < 1:1092010/149‑1 (MQ=255) aGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGACACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgtt > 1:1347282/1‑149 (MQ=255) aGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgtt < 1:472452/149‑1 (MQ=255) cccGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACCCAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgt > 1:531029/1‑149 (MQ=255) ccGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgtt < 1:293056/149‑1 (MQ=255) ccaCGGAGAGGGAAATATTGCGCTTCATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGttgttg < 1:262459/147‑1 (MQ=255) gACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGGTCTGACGCAGGGTTGTTgg > 1:305707/1‑149 (MQ=255) accgagagagaAAAATTGTGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGa < 1:552799/146‑1 (MQ=255) agagaAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGa < 1:659606/103‑1 (MQ=255) agagaAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGa > 2:659606/1‑103 (MQ=255) agagaAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGc > 2:756581/1‑149 (MQ=255) 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tGCGCTTTATGTTGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTg < 1:232537/149‑1 (MQ=255) gcgcTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGt < 2:1362918/149‑1 (MQ=255) tttATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTtatg > 1:602082/1‑149 (MQ=255) tttATATGGC‑GTGGCTACTCAATGACAGAAATTGTGCGGCAGCGTTAAGGCAATATAAAAACGATCCGTGAACATAAATGTTATGGGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTTGCGGAGGGGTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTtatg < 2:662913/149‑1 (MQ=255) tGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg > 1:242100/1‑115 (MQ=255) tGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg < 2:242100/115‑1 (MQ=255) tGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTtttgtatg > 1:804476/1‑149 (MQ=255) tGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTtatgtatg > 2:1062970/1‑149 (MQ=255) gTCGC‑GTGGCTACACAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACTCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATTTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGc < 2:600878/149‑1 (MQ=255) gTCCC‑GTGGCGACTGAATGACACAAAGTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCACAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTTTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGc > 2:682811/1‑149 (MQ=255) cgc‑gTGCCTACTCAATGACACAAATTGCCGATGAGCTTAATCGCAATATCAATACGCTCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGGCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCgg < 1:228929/149‑1 (MQ=255) 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aaaaCGATCCGTGAACATAAATTTAATGAGACGCAAAAATGGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCg > 1:1074537/1‑149 (MQ=255) aaaCGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCgg > 2:1079117/1‑149 (MQ=255) gATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGttt > 2:270645/1‑149 (MQ=255) acccGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTa < 1:1163572/147‑1 (MQ=255) tCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTAc < 1:270645/149‑1 (MQ=255) ccGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCACATGATGCCGGGTTTACt > 2:354434/1‑149 (MQ=255) cGTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACtt > 1:1440270/1‑149 (MQ=255) gTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTGATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTc > 1:1305383/1‑149 (MQ=255) gTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTc > 2:605014/1‑149 (MQ=255) gTGAACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTc > 1:1016842/1‑149 (MQ=255) | GACCGACCGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGC‑GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGTTTACTTC > NC_000913_3_pae_tpiA/4604486‑4604777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |