| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2405625 | 149 (1.000) | 8 (0.060) | 8/286 | 17.1 | 5.6% | intergenic (‑553/+78) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
| ? | NC_000913 | = 2405660 | 128 (0.900) | intergenic (‑588/+43) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCAC > NC_000913/2405510‑2405807 | gCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCg < 1:805012/151‑1 (MQ=255) gTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGtttt > 1:2090432/1‑151 (MQ=255) gTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGtttt < 1:1568352/151‑1 (MQ=255) gATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGtttttt < 2:2590429/151‑1 (MQ=255) ttttttttCAGGCTATGATTTGTGCGTTCGTGTCGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑ACAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTa < 2:499945/150‑1 (MQ=255) ttttttttCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTa < 1:1083032/150‑1 (MQ=255) gttttttgCATGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACTTTAATCTCGGTTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTa < 2:499999/150‑1 (MQ=255) tttttttCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTac < 2:2098955/151‑1 (MQ=255) tttttttCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTac < 1:1431203/151‑1 (MQ=255) ttttttCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTac < 2:1634066/151‑1 (MQ=255) tCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTAtt > 1:1374396/1‑151 (MQ=255) cAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTg < 1:533881/151‑1 (MQ=255) cAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGACTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTg < 1:2222881/151‑1 (MQ=255) gttgATTATTTGTGCGTTCGCGACGTGTTTCTTTGGTGGTTGAAATGTGAACAGTTTTGTAGGTTGTGCACTAAGCTATCACTGCTTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGAGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc < 1:2291177/148‑1 (MQ=255) ggCGATTATTTGTGCTTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc < 1:1858434/151‑1 (MQ=255) ggCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc > 1:2238089/1‑151 (MQ=255) ggCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc > 1:613997/1‑151 (MQ=255) cGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtctc > 2:956913/1‑151 (MQ=255) ggttgtttGTGCGTTCGCGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTCCT‑AAAAAAATGCCGCTGGGGTTTAACTCTCCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATGGTCTCa < 2:1888354/146‑1 (MQ=255) attattTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAg < 1:110024/151‑1 (MQ=255) ttattTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAgg > 1:892043/1‑151 (MQ=255) tattTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCGGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGa < 2:597245/151‑1 (MQ=255) tgCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatc < 1:962949/151‑1 (MQ=255) tgCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTATGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatc > 1:514229/1‑151 (MQ=255) ggCGTTCGGGACGTGAATCTCGGGGGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACGATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatc < 1:1187818/150‑1 (MQ=255) gCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCTGGAATtatct < 1:2582406/151‑1 (MQ=255) gTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTCGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatctat < 1:269545/151‑1 (MQ=255) ggACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTAGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGGTTGTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtcc > 2:1917958/1‑151 (MQ=255) gACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtccg < 1:509675/151‑1 (MQ=255) gACGGGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtccg < 2:699998/151‑1 (MQ=255) aCGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATcgtccgt < 2:381786/151‑1 (MQ=255) gTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCg > 1:1517530/1‑151 (MQ=255) gAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGAt < 1:922113/151‑1 (MQ=255) 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tctGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAGCACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTc < 1:2099966/151‑1 (MQ=255) tctGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTc < 2:1416646/151‑1 (MQ=255) tctGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTc < 1:1623040/151‑1 (MQ=255) tctGGTCGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCCCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTc < 2:2593836/151‑1 (MQ=255) ttggttgTTTAAAAATGACCAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGTTTTAACACACCCCCAGTGGATCGTTTATTACACTGTTGTCTCTGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCg < 2:1834270/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |