| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3977366 | 95 (0.920) | 3 (0.030) | 3/576 | 9.9 | 3.1% | coding (1089/1251 nt) | wzxE | O‑antigen translocase |
| ? | NC_000913 | 3977370 = | 90 (0.870) | coding (1093/1251 nt) | wzxE | O‑antigen translocase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
CAATTTATTACGGCATCGTTCAGCGTATATTTGCTGCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCACTGGCTAATCCCTGCGCATGGTGCACTGGGCGCGGCGCAGGCATATATGGCAACTTATATCGTCTATTTTTCTCTTTGTTGTGGCGTGTTTTTACTCTGGCGTAGGCGGGCATGACTGTACTGATTCACGTACTGGGATCGGATATCCCTCACCATAACCGAACCGTTTTGCGGTTTTTCAATGACGCGCTGGCCGCGACGAGCGAGCACGCGCGCGAGTTTATGGTTGTTGGCAAGGACGACGGCTTAAGTG > NC_000913/3977073‑3977666 | aaattgttttgggCATCGGTCAGAGTAGATTGGCTGCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTgg < 1:582561/290‑1 (MQ=255) ttaCGGCATTGTTCAGCGTATATTTGCTGCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTTGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCACAGCGTCACTGCGGTTTTATATTTTGGCGGATGt > 2:316651/1‑301 (MQ=255) tcttCGTTCGGCGTATATTTGCTGCCCAGGTTTGCCAGGCTAACGGAAAAGCGCGATAGCACCGGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGcc < 1:801654/298‑1 (MQ=255) gCATCGTTCAGCGTATATTTGCTGCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCCCCCGGGAAGTGGTTAACTCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGCGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTCTCTGGCTGCTGTTGTCGAATTAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGTGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCTTCACTGCGGTTTTATCTTTTggagcaatccaca > 2:888343/1‑289 (MQ=255) gCGTATATTTGCTGCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGACTAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACttt > 2:828202/1‑301 (MQ=255) gCGTATATTTGCTGCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACttt > 2:329086/1‑301 (MQ=255) cGTATATTTGCTGCCCAAGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGAGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAAGTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACttt < 2:377507/300‑1 (MQ=255) tataTTTGCTGCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTAtt > 2:482661/1‑301 (MQ=255) atatTTGCAGGCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGAGAGCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTg < 2:36964/301‑1 (MQ=255) tttttGCGTCCCAGGTGGGCTCGGCTAACCGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTGGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGTGTATGACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTTGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTAACTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGa < 1:100584/299‑1 (MQ=255) tatTTGTTGCCCACGTGGTGGCGGTTAAAGGAAAAGCGCGACAGCACCGGGGAAGTGGTTAAATCGCGTAAATTCGTCTTACCGGCGGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGa < 1:810442/301‑1 (MQ=255) tatTTGCGTCCCACGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATAGCCCCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGa < 2:649851/301‑1 (MQ=255) cactgtggcgcgGCTAACGGAAAAGCGCGATAGCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGcc < 1:100241/293‑1 (MQ=255) caattgttCGCGGATAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGcc < 2:705188/294‑1 (MQ=255) ttggtgtgGCGTCTACGGGAAAAGGGCGATATGACCCGTGAATTGGTTAAATGGCTGAAATTCGTTGTACGGGCAGTGGCGGCGTCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGAGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGccc < 1:659849/297‑1 (MQ=255) aCGTTGTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGccc < 2:616518/301‑1 (MQ=255) aCGGTGTCGCTGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCTGGTCAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTGTTGGGTTCTGTTTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGccc < 2:264267/301‑1 (MQ=255) tgTTGTCGCTGCGAACTGAAAAGCTCGAGATGACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGGGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCa < 1:482646/300‑1 (MQ=255) gTCGCGGCTAACGGAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCACTgg > 2:354898/1‑301 (MQ=255) 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cTAACGGAAAAGAGCGGGTGCACCCGGTAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGAGGTGGCGGCGGCGGGTTTTACCGGCTGGCTGCTGCGGGATGTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCACTGGCTAATc < 1:347127/300‑1 (MQ=255) tAACGGACAAGCGCGAGATCACCCGGGAAGTTGTTAAATCTCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTTGCTGCGGCGAGTTTTACCGTTTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCACTGGCTAATccc < 1:261855/301‑1 (MQ=255) gAAAAGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTACCTGGCTGCTGTTGTCGTATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCCGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTCGGTTATCTGGTGATCGCCAAGGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGTGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGTTTGTATTTGCTCACTGGCTAATCCCTgcg > 2:407210/1‑300 (MQ=255) aaaaGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCACTGGCTAATCCCTgcgc < 2:421346/300‑1 (MQ=255) ggggcgtgatgaCCCGGGAAGGGGTTAAATCGCTGAGATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCACTGGCTAATc < 1:669006/279‑1 (MQ=255) aGCGCGATATCACCCGGGAAGTGGTTAAATCGCTGAAATTCGTCTTACCGGCAGTGGCGGCGGCGAGTTTTACCGTCTGGCTGCTGCGTGATTTTGCTATCTGGCTGCTGTTGTCGAATAAATTTACCGCTATGCGCGATCTCTTTGCCTGGCAGTTAGTGGGTGATGTGTTAAAAGTGGGCGCTTATGT‑CTTTGGTTATCTGGTGATCGCCAAAGCGTCACTGCGGTTTTATATTCTGGCGGAAGTCAGCCAGTTCACTTTATTGATGGTATTTGCCCACTGGCTAATc > 2:669030/1‑290 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |