| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,527,242 | Δ1 bp | coding (297/999 nt) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,527,242 | 0 | C | . | 99.1% | 471.7 / ‑2.0 | 108 | coding (297/999 nt) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base . (62/44); minor base G (1/0); total (64/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TGAAACTTTTTCGTATCCTCGATCCTTTCACCTTAACCCTGATCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGAT > NC_000913/2526947‑2527532 | tGAAACTTTTTCGTATCCTCGATCCTTTCACCTTAACCCTGATCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTGATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGt < 1:569235/301‑1 (MQ=255) ttttCGTATCCTCGATCCTTTCACCTTAACCCTGATCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCCTTTGTGGGCAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAGTGTCGACCCGATGCT‑TTCTCCGGTTTtct > 1:857706/1‑299 (MQ=255) ccTTTCACCTTAACCCTGATCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGCAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTCGCAATCGGTAAATGTCGAACCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTGCTTGTTCATTCTcc > 1:433169/1‑300 (MQ=255) aCCTTAACCCTGATCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTAc < 1:660743/301‑1 (MQ=255) ccTTAACCCCGATCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTAc > 1:644132/1‑300 (MQ=255) tGATCCCGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCCGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCt < 1:907315/301‑1 (MQ=255) gATCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGt > 1:545432/1‑298 (MQ=255) tCACGGTGGTGTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCTGTCTGCa > 1:783840/1‑301 (MQ=255) cgggtgtttttcTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTTACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCTCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCTGCACCTTCGTTCTTTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATc < 1:406494/290‑1 (MQ=255) gtggtgTTGCTGGCCTCTTTCTTTCCGGCCAGAGGCGATTTCGTCCCCTTCTTTGAAAATCTGACCACCGCAGCTATTGCCCTGCTGTTCTTTATGCACGGCGCGAAGTTGTCGCGTGAGGCGATTATTGCTGGCGGTGGTCACTGGCGACTGCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTA‑TCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCg < 1:461892/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |