| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 48,418 | 0 | A | G | 21.3% | 287.9 / 19.9 | 145 | E217G (GAA→GGA) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/72); new base G (26/4); total (67/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTG‑CGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGGCAAGCTCGGAATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTGCTGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATGTCGATAGACTTTGGCACGCTGCTTGAAAACCCATTGCGCATTGTCATTTTGCTGCTCGGTTTCCTCATCATCAAAATCGCCATGCTGTGGCTGATT > NC_000913/48124‑48710 | gCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTG‑CGTTTTTTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGtt > 2:1295709/1‑301 (MQ=255) aCGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGTTCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTG‑CGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGt < 2:729868/300‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCCATGTCAAGCGTCCGGCGCTG‑CGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTTGttg > 2:409168/1‑299 (MQ=255) cTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTTCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTACGTCACGCGTCCGGCGCGG‑CGTCTTGTTGCTCGCTCTGGCTCGCGGGAAGTGTTTAGTACCg > 2:206347/1‑301 (MQ=255) 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cctcTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTACCGCGTCCGGGGCTG‑CGGTTTGTAGCCCGCTCTGGCCTGCCGGGAGTGTTTAGTGCCGTGGCggtctt > 2:240079/1‑296 (MQ=255) cactACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGACCGTAATCTGATGGTGACGCAAATGGTTGGCAGTGCCGTTGCGGTGCTGCGGTGCAAGGGTATGGGGGCGATCCCGCTGGTGGAGATGATTCCGCTACTGGCAAAGAGCAGGGCCTAGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTG‑CGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTc < 2:575126/299‑1 (MQ=255) gCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGGTGGTGGGATTGCTGGGGGGCTATGTCACGCGTCCGGCGCTG‑CGGTTTGTAGCCCGCCCTGGGTTGCGGGAAGGGTTGTGTTCTGTGGGGGTATTCCGCGTGGTTGGcg > 2:1141398/1‑300 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |