| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 40.7% | 172.3 / 18.7 | 91 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/8); new base C (0/37); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCTG > NC_000913/4378653‑4378952 | ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTac > 2:728897/1‑151 (MQ=255)ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTa < 2:447609/150‑1 (MQ=255)ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGCTTACCCTGATAAATTac > 2:737338/1‑151 (MQ=255) ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTacc‑g > 1:147654/1‑151 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTacc‑gcc < 1:1426271/150‑1 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTacc‑gcc < 2:947458/150‑1 (MQ=255) aTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTacc‑gccaccgcc > 2:897820/1‑150 (MQ=255) aTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTacc‑gccaccgcc > 1:421678/1‑150 (MQ=255) aGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTCCC‑GCCACCGCCAt < 2:103764/150‑1 (MQ=255) gCGTCGCCCCCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATAc < 1:447353/151‑1 (MQ=255) ncaccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGNNCGNNTAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTNNCCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCggg > 1:105850/2‑150 (MQ=255) ccaccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCggg > 2:961101/1‑150 (MQ=255) cccaacccccccAATAATTTTTTTGCTGACCGAACCTAACACAAACACCGTTTGCTGTGGGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATACCCCCAGAAAAAGAAAAAAGGTTTCCCTTAATAATTTCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATc < 1:1192169/141‑1 (MQ=255) cccaAGCCCGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGACCCAAACTAAAACACCTTTTGCTGTGTGACGGGCTGTTTTTTGGCGATGCCCCCATACCCCCAGGTAAAGAAATAAGGTTTCCCTTAATAAATTCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATc < 1:298538/150‑1 (MQ=255) ccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCCTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCt > 2:236826/1‑151 (MQ=255) gCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTttg > 1:430470/1‑151 (MQ=255) ccGCCAGTAAATTTTTTGCTGCCCGAACCTAACTCAAACACCGTTTGCTGTGTGACGGGTTGTTTTTGGGCGATGTCCGCATACCCCCAGGAAAAGTAATAAGGTTTCCCCTAATAAATTCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgtt < 2:1349667/150‑1 (MQ=255) gCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc > 2:1028686/1‑151 (MQ=255) gCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc > 1:342510/1‑151 (MQ=255) aGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct > 1:913905/1‑151 (MQ=255) tAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 2:594763/1‑151 (MQ=255) aatttttttGCGGACCGACCCAAACTCAAACACCTTTTGTTGTGTGAGGGGTTGTTTTTGGGCGATGCCCGCATAGCCCAAGATAAAGTAATAAGTTTTCCCTTGAAAAATCCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat < 1:595198/145‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 2:603824/1‑150 (MQ=255) 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gCTGACCGACCCTAACTCAAACAACTTTTGCTGTGTGAGGGGCTGTTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCCTGATAAATTCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGt < 2:587227/150‑1 (MQ=255) gACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAtt > 2:868091/1‑151 (MQ=255) gAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc > 1:1319340/1‑151 (MQ=255) aCCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCg > 2:658873/1‑150 (MQ=255) aacaaaaaCACCTTTTGCTGGGTGACGGGCTGTTTTTTGGCGATGTCCGCATACCCCCAGTAAAATTAAAAAGTTTTCCCTTAATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGca < 2:490911/146‑1 (MQ=255) aaCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:200723/1‑150 (MQ=255) acaaaaaCAACTTTTGCTGTGTGAGGGGCTTTTTTTTGGCGATGTCCGCATACCCCAAGGTAAAGAAAAAGGGTTTCCCCTGAAAAATTCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcac < 2:41971/147‑1 (MQ=255) aCTAAAACAACTTTTGTTGTGTACCGGGTTTTTTTTTGGCGTTGCCCCCATACCCCCAGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCCTGAAAATTTCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcac < 1:1353355/151‑1 (MQ=255) tCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca > 1:700516/1‑150 (MQ=255) tCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca > 1:882515/1‑150 (MQ=255) 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aacaacGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAatat > 1:20649/1‑151 (MQ=255) acagcGTTTGCTGGGTGACGGGCTGCTTTGGGGCGATGGCGGAATCGCCCCGGGAAAAATAATAAGTTTTCCCCTAATAAATGCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATc < 2:1138151/151‑1 (MQ=255) gTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTg > 1:727929/1‑150 (MQ=255) tGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAttt > 2:492126/1‑151 (MQ=255) tGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAttt > 2:181206/1‑151 (MQ=255) gCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttg > 2:963712/1‑151 (MQ=255) gtgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg > 1:351145/1‑149 (MQ=255) ggggtttttttttGGCGATGTCCGCATACCCCCAGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCCTAAAAAATTCCC‑CCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgc < 2:1129024/143‑1 (MQ=255) ggggttttttttgGGCGATGTCCGCATAGCCCAAGGAAAAGTAAAAGGTTTTCCCCTGATAAATTCCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgc < 2:1006024/143‑1 (MQ=255) gggCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATTACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgc > 2:1006913/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |