| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,599,408 | 0 | A | C | 61.1% | 12.2 / 17.2 | 18 | V84G (GTG→GGG) | livJ | branched‑chain amino acid ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/2); new base C (0/11); total (5/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.08e-02 | |||||||||||
TCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAA > NC_000913/3599301‑3599546 | tCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTa > 2:200144/1‑150 (MQ=255) ttcgtAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGc > 2:144944/1‑149 (MQ=255) aTGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAAAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCCCCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATgc < 2:287439/151‑1 (MQ=255) gCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCCCCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGt < 2:286650/150‑1 (MQ=255) aagaaCAGAGGTGACCAATCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAAc < 1:277700/151‑1 (MQ=255) aTCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCgg > 1:270168/1‑151 (MQ=255) attttaaaT‑CCCTTCTTTAACGATTTTGTT‑CCCCCCCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAAc < 1:308871/145‑1 (MQ=255) attttAATGGCCGTTTTTACCGA‑TTTGTTCCCCCCCCGAACCCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCTTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCTTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAAc < 2:121530/149‑1 (MQ=255) atTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACt > 2:262072/1‑150 (MQ=255) t‑GCCGTCTTAAACGTTTTTTTT‑CCCCCCCCCAACCGCCTTTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTc < 2:305657/151‑1 (MQ=255) gcggtcgtaaccgtttttGTC‑CCCCCCCGCACCCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTc < 2:259704/135‑1 (MQ=255) gCCGTCTTTAACGATTTTTTT‑CGCCCCCGCACCCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTc < 1:221636/150‑1 (MQ=255) tttAGCGTCTTGGTC‑CCCCACCCCATCCGCCTGTTTCGGGTCACAGTCTTCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTAc < 1:229805/150‑1 (MQ=255) tttAACGCTTTTGTC‑CCCCCCCGCACCCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTAc < 2:75449/150‑1 (MQ=255) ttaaccgcttttGTC‑CCCCCCCCCACCCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTAc < 2:14266/142‑1 (MQ=255) ttaaacgcttttGTT‑CCCCCCCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTAc < 1:127771/142‑1 (MQ=255) cGATTTTTTT‑CCCCCCCGCACCCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTgcgc < 1:36495/151‑1 (MQ=255) aCTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCaa > 1:236849/1‑151 (MQ=255) | TCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAAT‑GCCGTCGTTAACGACTTTGTT‑CGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTAGCGTTGATATCCGCAACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAA > NC_000913/3599301‑3599546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |