| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 854380 = | 329 (0.920) | 21 (0.060) | 13/148 | NT | 6.6% | intergenic (‑275/‑460) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 854405 = | 295 (0.890) | intergenic (‑300/‑435) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA | |||||
TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/854475‑854380‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgggtcGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATCT > USA300TCH1516_ALE/854405‑854494 TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTAC < 1:1760342/91‑1TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTAC > 2:3092420/1‑91TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTAC > 2:3092069/1‑91 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG < 2:6664765/91‑1 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG < 2:2513855/91‑1 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG < 1:5107387/91‑1 TTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGG < 2:4974870/91‑1 TTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGG > 2:381215/1‑91 TCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAGCGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGG < 1:6762559/91‑1 TCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGG > 2:3611429/1‑91 TCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGG < 2:2441805/91‑1 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 1:6558413/1‑91 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT < 2:4770251/91‑1 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 2:4427495/1‑91 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 2:1709423/1‑91 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 1:1108230/1‑91 TTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTC < 1:5385778/91‑1 TTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTC > 1:4711878/1‑91 TTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACGTTAAT‑CGTGCGGGTCGTTTTT < 1:2049258/91‑1 TAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTA < 2:6014583/91‑1 AAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTAT < 1:5618460/91‑1 TTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGAGTCGTTTTTATTTATTTCTTA > 2:4993138/1‑91 TGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACGTTAAT‑CGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCC < 2:4925884/91‑1 CCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGA > 1:5474745/1‑91 CGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAAT > 2:553390/1‑91 GCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATA > 1:2364092/1‑91 GCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATA > 2:2637397/1‑91 CACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCAGTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATAC > 1:5454679/1‑91 ACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTACTTTTTTAAACAAATTTAAGAATACA > 2:4686302/1‑91 ACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTATACAAATTTAAGAATACA > 2:4686688/1‑91 CGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACAT > 1:1722/1‑91 CGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACAT > 1:6328578/1‑91 GATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTTTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATA > 2:1046003/1‑91 GATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATA > 1:1282685/1‑91 GATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATA > 2:3476507/1‑91 GATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATA > 1:4277586/1‑91 GATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATA > 2:5632867/1‑91 ATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAt > 2:2981591/1‑90 ATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAG > 2:3411925/1‑91 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 1:5221945/91‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC > 1:4922213/1‑91 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 1:5447748/91‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC > 1:6311621/1‑91 GGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACA < 1:2049128/91‑1 GGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACA > 1:5110693/1‑91 GGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACA > 1:1057812/1‑91 GGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACA > 1:6047086/1‑91 GGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAA < 1:4718213/91‑1 GGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAA > 2:6644161/1‑91 GTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAAT > 1:549443/1‑91 TCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACATATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATC < 1:6412863/91‑1 TCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATC < 1:6413314/91‑1 TCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATC > 1:1078450/1‑91 TCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATC < 2:157600/91‑1 TCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATC < 2:4184303/91‑1 TCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATC > 2:2439305/1‑91 CGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATCT < 1:4147480/91‑1 TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/854475‑854380‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgggtcGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATCT > USA300TCH1516_ALE/854405‑854494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |