| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2797815 | 329 (0.920) | 14 (0.040) | 9/142 | NT | 4.5% | intergenic (+103/+164) | USA300HOU_RS14370/USA300HOU_RS14375 | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase domain‑containing protein/N‑carbamoylsarcosine amidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2797828 | 304 (0.960) | intergenic (+116/+151) | USA300HOU_RS14370/USA300HOU_RS14375 | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase domain‑containing protein/N‑carbamoylsarcosine amidase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2797717‑2797815‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acccgaggcGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < USA300TCH1516_ALE/2797828‑2797739 TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAA > 2:2608560/1‑91TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAA > 2:2612107/1‑91 ATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAC > 1:6268807/1‑91 ATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAC > 2:3759360/1‑91 ATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAC > 2:3759696/1‑91 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 2:2468605/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:1173632/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 2:3087105/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC > 2:3728835/1‑91 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:3767761/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 2:630657/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:2579724/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:2474124/91‑1 ATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCC < 1:1064054/91‑1 ATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCC < 2:522470/91‑1 ATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCC < 1:1063597/91‑1 ATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCCTATTCAAGTAAACCC > 2:5386795/1‑91 TTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCG > 2:1809576/1‑91 TTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCG > 2:1809641/1‑91 TTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCG < 1:4291099/91‑1 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTGATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG < 1:6945240/91‑1 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 2:5984685/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 1:1125098/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG < 1:1411336/91‑1 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 1:1506209/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG < 2:4762864/91‑1 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 2:4983638/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 2:53469/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 1:3053985/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGATAATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGcg > 2:5897310/1‑89 AACCTGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACAGATGTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAAGTAGACCCGAGG < 2:2164337/91‑1 AACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 1:2718970/91‑1 AACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 1:1851406/91‑1 AACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 2:5681338/91‑1 AACCCGTAAAATTTAGAAGTATTAACCAGGAGTTCGGACTTAAACGTATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 2:6872234/91‑1 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC < 2:4889251/91‑1 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 2:6150902/1‑91 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 1:6652065/1‑91 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC < 2:6317286/91‑1 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 2:4838963/1‑91 TTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GA < 1:3130780/91‑1 TTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GA < 1:4603848/91‑1 TTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATGCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GA < 2:1999147/91‑1 TATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAA < 1:6025976/91‑1 TAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATG < 1:542542/91‑1 AAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGG < 1:5583337/91‑1 AAACAAGGAGTTCGGAATTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGG < 1:826961/91‑1 AAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTA < 1:947184/91‑1 TTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTC‑AGTTCGAACGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACA > 1:2026870/1‑91 GATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTC‑AGTTCGAACGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTT > 1:1196665/1‑91 ACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT < 2:872994/91‑1 ACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT < 1:4967600/91‑1 ACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT > 1:5189151/1‑91 ACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT < 1:859575/91‑1 ACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT < 1:6930513/91‑1 ACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT > 1:5569168/1‑91 ACCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAAGCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT < 1:5453775/91‑1 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGCAATCAGACTTATGAACCGAACTCTGTTTAAGTCCGAACTACTTGTTT > 2:3538933/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT > 1:2657290/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT > 1:4072316/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT > 1:3915580/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT > 2:5001646/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT > 1:5668039/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT > 1:6599070/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT < 2:2039051/91‑1 CCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTA > 2:5160336/1‑91 CCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTA > 2:3473787/1‑91 CCGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTA > 2:5483310/1‑91 CGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 1:29345/1‑91 CGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 1:4796854/1‑91 CGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT < 2:704449/91‑1 CGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTG < 2:178673/86‑1 CGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTG > 1:178673/1‑86 CGAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAAGTGAATCAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 2:73968/1‑91 GAGGCGTTCGAACT‑GGATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA < 2:6087028/91‑1 GAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA > 2:3759846/1‑91 GAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA > 2:1058056/1‑91 GAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA > 2:1057162/1‑91 GAGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA > 1:361786/1‑91 AGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC < 1:2649443/91‑1 AGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC > 2:108952/1‑91 AGGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC > 1:2074230/1‑91 GGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGCAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 2:4734293/91‑1 GGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 2:424419/91‑1 GGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 1:1991681/91‑1 GGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 2:2563195/91‑1 GGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 2:2610818/91‑1 GGCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 2:3337820/91‑1 GCGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTT < 2:5169946/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 2:6231802/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 1:2357434/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 1:1611442/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 2:5501833/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 1:3160029/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 1:3546572/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 2:5166801/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 1:4165230/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA > 1:4170817/1‑91 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 1:6298848/91‑1 CGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAAAAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA > 2:1475561/1‑91 TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2797717‑2797815‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acccgaggcGTTCGAACT‑GAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < USA300TCH1516_ALE/2797828‑2797739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |