| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 740,322 | G→C | 5.8% | intergenic (+549/+39) | pitA_1 → / ← sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 740,322 | 0 | G | C | 5.8% | 1625.5 / 72.5 | 452 | intergenic (+549/+39) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (165/260); new base C (13/13); total (179/273) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 498 total aligned reads displayed.
ATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAG > USA300TCH1516_ALE/740232‑740412 | atataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACatg < 1:6326356/91‑1 (MQ=255)atataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACatg > 2:5087663/1‑91 (MQ=255) tataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTAAGAACCAAAATGAAAATTTTTTTAAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACatga < 2:1500893/91‑1 (MQ=255) ataaatatGTCTGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAATACTAGCAAT‑TCACatcatg < 2:5544170/91‑1 (MQ=255) ataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACatcatg < 2:3097128/91‑1 (MQ=255) ataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTATTGTACAAAAATGAAAAAAAATTTAAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACatgat < 2:890652/91‑1 (MQ=255) aaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGAtgt < 1:4370529/91‑1 (MQ=255) aaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGAtgt < 1:608039/91‑1 (MQ=255) aatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCATAATGAAAATATTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGAtgtg > 2:1612538/1‑91 (MQ=255) aatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGAtgtg < 1:510589/91‑1 (MQ=255) atatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGa > 1:4100000/1‑91 (MQ=255) tatgtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCGAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGa‑a > 2:4126825/1‑91 (MQ=255) atgtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCTTATTTTAAAAACTAGCAATCGCACAAGATGTGA‑At > 2:1177594/1‑91 (MQ=255) tgtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑Att > 1:4770653/1‑91 (MQ=255) gtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTg < 1:2603597/91‑1 (MQ=255) atgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTATTTAAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCt < 2:4583036/91‑1 (MQ=255) tggtAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTa > 1:549934/4‑91 (MQ=255) gATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAg < 1:3342770/91‑1 (MQ=255) gATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAg < 1:2541264/91‑1 (MQ=255) aTAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGt > 1:3552036/1‑91 (MQ=255) gggAAGGGTTAGATAATTATTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGtttt < 2:3441132/91‑4 (MQ=21) gAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGtatata < 1:6229923/91‑1 (MQ=255) gAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGtatata < 1:4906639/91‑1 (MQ=255) aGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATc < 2:3767409/91‑1 (MQ=255) aGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATc > 1:782264/1‑91 (MQ=255) gggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCa > 1:528707/1‑91 (MQ=255) gggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCa < 2:3164169/91‑1 (MQ=255) gggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCa < 2:6609990/91‑1 (MQ=255) gggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTAAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCa < 2:1818149/91‑1 (MQ=255) ggTGAGATAATTTTTTGTACTAAAATGAAAATTTTTTTCCCAAATAAAAAACTCGCAATCTCACATGATGTGC‑CTTGCTCGCACATATCAg > 2:7006059/1‑91 (MQ=255) ggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAg < 1:4961774/91‑1 (MQ=255) gTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGt < 1:2365297/91‑1 (MQ=255) tGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTa > 2:5740314/1‑91 (MQ=255) tGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTa > 1:973357/1‑91 (MQ=255) tGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTa > 1:4311525/1‑91 (MQ=255) gagaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTAc < 2:4928935/91‑1 (MQ=255) gagaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTAc > 2:5117440/1‑91 (MQ=255) gagaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTAc < 1:3238783/91‑1 (MQ=255) gagaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTAc < 1:2065503/91‑1 (MQ=255) gagaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTAc > 2:6790642/1‑91 (MQ=255) gaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACaa > 1:5881193/1‑91 (MQ=255) tAATATTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAatt < 2:5996093/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAattt < 2:622402/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAattta > 1:3839218/1‑91 (MQ=255) ttttttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAatttat < 1:3932800/91‑1 (MQ=255) tttttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAatttatt > 2:5023847/1‑91 (MQ=255) tttttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAatttatt < 1:5741337/91‑1 (MQ=255) ttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaa < 2:6130249/91‑1 (MQ=255) ttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaa < 1:194901/91‑1 (MQ=255) ttGTACCAAAATGAAAATTTTTTACAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaa < 2:6515873/91‑1 (MQ=255) gTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaatt > 1:4244572/1‑91 (MQ=255) tACCTAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaatta > 2:3902719/1‑91 (MQ=255) tACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaatta > 1:2294842/1‑91 (MQ=255) aCCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaattaa < 2:2172098/91‑1 (MQ=255) aCCAAAATGAAAATATTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaattaa < 2:3570024/91‑1 (MQ=255) ccAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTtaattaat > 1:2757754/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTACTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATgg < 1:6842352/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAAt > 2:1293098/1‑91 (MQ=255) aaaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATg > 1:6920199/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCa < 1:462425/91‑1 (MQ=255) tttttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCAt < 1:345970/91‑1 (MQ=255) ttttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATa < 1:583510/91‑1 (MQ=255) ttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGc < 1:5572947/91‑1 (MQ=255) ttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGc < 2:5922101/91‑1 (MQ=255) ttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGc < 2:4742116/91‑1 (MQ=255) ttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGc < 1:2209308/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTa > 1:3690184/1‑91 (MQ=255) ttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTa < 2:5280648/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTa > 1:3177104/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGa < 2:2647612/90‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGaa < 2:2388861/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGaa < 2:2757611/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGaa < 2:2204482/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGc > 2:2959557/1‑80 (MQ=255) aaaaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGaaa < 1:5246387/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGaaa < 1:444939/91‑1 (MQ=255) aaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACt < 1:6610129/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACtt < 1:6117228/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCt < 2:6409336/91‑1 (MQ=255) aaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGaa > 2:3669288/1‑91 (MQ=255) aaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGaa < 1:5375953/91‑1 (MQ=255) aaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGaa > 2:4868821/1‑91 (MQ=255) aaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAg > 1:6482237/1‑91 (MQ=255) aaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAg > 1:1350338/1‑91 (MQ=255) aCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGc < 1:2427678/91‑1 (MQ=255) cTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCt > 2:2329444/1‑91 (MQ=255) tAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTg < 1:5166354/91‑1 (MQ=255) gCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGa < 1:3645972/91‑1 (MQ=255) gCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGa < 2:468441/91‑1 (MQ=255) gCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGa < 2:4345613/91‑1 (MQ=255) gCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGa > 1:1626243/1‑91 (MQ=255) attcACATCATGTGAGATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAAtt > 1:1017329/3‑91 (MQ=39) acaTGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACg < 1:6987587/91‑1 (MQ=255) acaTGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACg > 1:5991860/1‑91 (MQ=255) acaTCATGTGAGATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTAc > 1:12091/1‑91 (MQ=255) atgatgTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGt < 2:224610/91‑1 (MQ=255) tgatgTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTa < 1:2951182/91‑1 (MQ=255) tgatgTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTa > 1:110173/1‑91 (MQ=255) gatgTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAg < 2:5826381/91‑1 (MQ=255) gatgTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAg > 2:2566533/1‑91 (MQ=255) | ATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAG > USA300TCH1516_ALE/740232‑740412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |