| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1838254 = | 133 (1.070) | 6 (0.050) | 6/238 | NT | 5.1% | intergenic (‑58/+49) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1838290 = | 100 (0.870) | intergenic (‑94/+13) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component | |||||
CGGTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1838402‑1838254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcgctttAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTATCA > USA300TCH1516_ALE/1838290‑1838426 CGGTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTCTTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTT > 2:17145/1‑141CGGTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTT < 4:274849/141‑1 GGTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTT < 1:718829/141‑1 GTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTG < 2:1057849/141‑1 GTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTG < 1:566117/141‑1 GTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTG < 1:592176/141‑1 TGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGC > 2:292922/1‑141 TGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGC < 3:5433/141‑1 TGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGC > 2:108705/1‑141 TGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGCACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGC > 2:391790/1‑141 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTGAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 1:642634/141‑1 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAGACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 2:431935/141‑1 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 1:670814/141‑1 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 1:642629/141‑1 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 4:307681/141‑1 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 1:422469/141‑1 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 3:23735/141‑1 GCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCG < 3:149060/141‑1 CAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGCCAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGC > 1:267681/1‑141 CAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGC < 1:472063/141‑1 CATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAACCCTA‑TTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATA < 3:360612/136‑1 CATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAACCCTA‑TTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATA > 4:360612/1‑136 ATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAA > 1:843759/1‑141 CGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGC > 1:978546/1‑141 GCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCA > 1:277550/1‑141 CAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCAC > 1:985253/1‑141 TTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTT > 2:1084806/1‑141 TTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTT < 3:152999/141‑1 TGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTT < 2:1001768/141‑1 TGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTT < 4:325617/141‑1 CGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTAT < 1:992944/141‑1 CGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTAT > 1:883059/1‑141 CGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTAT < 1:60309/141‑1 GCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCTATTTCATCAGCAAGCTGCTCTGCGTGTGTACCGACAATTACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTTATCTTCTGTTGATC < 4:405707/141‑1 GCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTATC < 1:886421/141‑1 CTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTATCA < 2:455613/141‑1 CTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTATCA < 3:262057/141‑1 CTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTATCA < 1:502314/141‑1 CTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTATCA < 4:90204/141‑1 CGGTGCAGTTGGTGTTACTGTTAATGGCAAACATTCAACTCAAGTTATTGTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAA‑TAGGGTTTGCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1838402‑1838254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcgctttAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATTAACAGTAACACCAACTGCACCGGCGTTTTTAATCTTCTGTTTATCA > USA300TCH1516_ALE/1838290‑1838426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |