| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,503,111 | 0 | A | G | 5.8% | 342.7 / 7.2 | 115 | I234I (ATT→ATC) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/59); new base G (4/3); total (53/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAAT‑AAAAAGAAGTGAGGTTACACCTAATTCTGATCCTTTAGTAATTAAAATATTTAAACTGAGGAGCATAATGACTAAAAGAACCAGACCTTTAATGTCAAATTTATTTAGAGAAATCGATTTAGATTTAGTTTCAGGTGT > USA300TCH1516_ALE/1502973‑1503251 | aTTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGtaat < 1:679390/141‑1 (MQ=255) tAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAAT‑aaa < 2:45279/141‑1 (MQ=255) tAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAAT‑aaa < 4:354146/141‑1 (MQ=255) aaCAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAAT‑aaaa > 2:547207/1‑141 (MQ=255) 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1:433785/1‑141 (MQ=255) taat‑aaAAAGAAGTGAGGTTACACCTAATTCTGATCCTTTAGTAATTAAAATATTTAAACTGAGGAGCATAATGACTAAAAGAACAAGACCTATAATGTCAAATTTCTTACAGGAAAAAGAGTTAGGTTTATTTTCAtgtg > 3:198938/1‑141 (MQ=255) aat‑aaAAAGAAGTGAGGTTACACCTAATTCTGATCCTTTAGTAATTAAAATATTTAAACTGAGGAGCATAATGACTAAAAGAACCAGACCTTTAATGTCAAATTTATTTAGAGAAATCGATTTAGATTTAGTTTCAGgtgt > 2:327671/1‑141 (MQ=255) | ATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAAT‑AAAAAGAAGTGAGGTTACACCTAATTCTGATCCTTTAGTAATTAAAATATTTAAACTGAGGAGCATAATGACTAAAAGAACCAGACCTTTAATGTCAAATTTATTTAGAGAAATCGATTTAGATTTAGTTTCAGGTGT > USA300TCH1516_ALE/1502973‑1503251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |