| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,176,264 | 0 | A | G | 5.1% | 408.7 / 7.1 | 135 | intergenic (+26/+5269) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/56); new base G (4/3); total (75/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
ATTCAACTTAAAGATCATGATGATTTAATACAACTCAAACAACGTGTAAATCATTTCGATCCTTCCAATATTTATATTAATGAAAATAAGATGTTATATTCATTGTTAATTTAACACATAGTAAGAAAAA‑CAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑GAAATCATCTTATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAA > USA300TCH1516_ALE/2176125‑2176402 | aTTCAACTTAAAGATCATGATGATTTAATACAACTCAAACAACGTGTAAATCATTTCGATCCTTCCAATATTTATATTAATGAAAATAAGATGTTATATTCATTGTTAATTTAACACATAGTAAGAAAAA‑CAGTCATAAAt > 2:110547/1‑141 (MQ=255) ttCAACTTAAAGATCATGATGATTTAATACAACTCAAACAACGTGTAAATCATTTCGATCCTTCCAATATTTATATTAATGAAAATAAGATGTTATATTCATTGTTAATTTAACACATAGTAAGAAAAA‑CAGTCATAAAtt > 3:145241/1‑141 (MQ=255) cTTAAAGATCATGATGATTTAATACAACTCAAACAACGTGTAAATCATTTCGATCCTTCCAATATTTATATTAATGAAAATAAGATGTTATATTCATTGTTAATTTAACACATAGTAAGAAAAA‑CAGTCATAAATTGAttt < 2:171047/141‑1 (MQ=255) aTCATGATGATTTAATACAACTCAAACAACGTGTAAATCATTTCGATCCTTCCAATATTTATATTAATGAAAATAAGATGTTATATTCATTGTTAATTTAACACATAGTAAGAAAAA‑CAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑g > 1:617276/1‑141 (MQ=255) 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2:808841/1‑141 (MQ=18) aaaaa‑CAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑GTAATCATCTTATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCGGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGtt < 4:422144/141‑1 (MQ=255) aaaaa‑CAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑GAAATCATCTTATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGtt > 2:898603/1‑141 (MQ=255) aaaa‑CAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑GAAATCATCTCATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGttt > 2:802570/1‑141 (MQ=255) cAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑GAAATCATCTTATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGa > 2:230034/1‑141 (MQ=255) cAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑GAAATCATCTTATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGa > 4:35544/1‑141 (MQ=255) 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3:203799/141‑1 (MQ=255) aaaTTGATTTCTAATT‑GAAATCATCTTATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATaaaa < 3:299942/141‑1 (MQ=255) | ATTCAACTTAAAGATCATGATGATTTAATACAACTCAAACAACGTGTAAATCATTTCGATCCTTCCAATATTTATATTAATGAAAATAAGATGTTATATTCATTGTTAATTTAACACATAGTAAGAAAAA‑CAGTCATAAATTGATTTCTAATT‑GAAATCATCTTATGACTGCTTTTTATTATACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAA > USA300TCH1516_ALE/2176125‑2176402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |