| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,292,140 | 0 | G | A | 5.5% | 513.2 / 12.3 | 163 | intergenic (+126/+104) | USA300HOU_RS11675/USA300TCH1516_02171 | hypothetical protein/tRNA‑Lys |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/71); new base A (6/3); total (88/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
AAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCCTCTGAT > USA300TCH1516_ALE/2292000‑2292280 | aaaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAg < 1:1023405/141‑1 (MQ=38) aaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGc > 1:880023/1‑141 (MQ=39) aTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGct > 3:255552/1‑141 (MQ=40) aTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGct < 3:78434/141‑1 (MQ=39) 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1:440039/1‑141 (MQ=255) taatcataaAAGCTCTAAAAGTCGTATTTT‑AAAAAGAGTTCTTTAAATTATATCCCCACCACATTTGGTGAAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACctct < 2:803529/141‑1 (MQ=255) ataataaAAGCTCTAAGAGTTGTATTGT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACAGTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGa < 2:617325/141‑1 (MQ=255) aataaAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGAcc > 3:400514/1‑141 (MQ=255) taaAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCct > 2:797349/1‑141 (MQ=255) aaaaGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCctc < 1:862363/141‑1 (MQ=255) aaGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCCTCTg > 2:225083/1‑141 (MQ=255) aaGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCCTCTg < 4:213396/141‑1 (MQ=255) aGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCCTCTGa > 1:985526/1‑141 (MQ=255) aGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCCTCTGa < 1:154461/141‑1 (MQ=255) gCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCCTCTGAt > 2:109003/1‑141 (MQ=255) | AAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCACTTCCCAAAAATGGAAAGTGCAAGTAGTGAGCCATAGAGGATTCGAACCTCTGACCCTCTGAT > USA300TCH1516_ALE/2292000‑2292280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |