| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,279,469 | A→G | 15.0% | V115V (GTA→GTG) | cdsA → | Phosphatidate cytidylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,279,469 | 0 | A | G | 15.0% | 51.8 / 5.0 | 28 | V115V (GTA→GTG) | cdsA | Phosphatidate cytidylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/9); new base G (2/2); total (16/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
CATGCAGGGCCATGGGTACAAGTAATTCAATTAAAAAGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTGGTAAAATGATGGGTAAACATAAG > USA300TCH1516_ALE/1279329‑1279598 | aaagCAGGGCCAGGGGTACAAGTAATTAAAGTAAAAATTGTGTTTACAAGGAGCTTTATTGGATCAAATTATAATGCCTTATCGAAAAACAGGTTTAGTTTTATGGAGGCTGCAGTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTa < 1:125279/138‑1 (MQ=255) cAGGGCCATGGGTACAAGTAATTCAATTAAAAAGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCa > 2:225964/1‑141 (MQ=255) aGGGCCATGGGTACAAGTAATTCAATTAAAAAGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCAt < 2:114627/141‑1 (MQ=255) cATGGGTACAAGTAATTCAATTAAAAAGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGt‑t > 1:262592/1‑141 (MQ=255) atgattACAAGTTATTCAATTAAAAAGTTTATTTGCAATGAGCTTTATTGTATTTATATTTATTTTCTTATCTAATAACAGATTTAGTTTTATCTGTTCTTCTTTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGt‑tt < 2:225660/136‑1 (MQ=255) aaTTCAATTAAAAAGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTGGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTa > 2:178272/1‑141 (MQ=255) aaTTCAATTAAAAAGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTGGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTa > 2:178342/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAATCgaga > 2:194603/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGAt > 2:326277/1‑141 (MQ=255) aGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGACACGAGATCGGAAGAattacaggac > 1:144274/1‑137 (MQ=255) tATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCCGAAGGATTACATTACAtttt > 2:62486/1‑141 (MQ=255) tataCTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGT‑CGCATTGGTGTTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTa < 1:81185/141‑1 (MQ=255) cTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAAtcg > 2:29780/1‑139 (MQ=255) tGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGt > 1:139982/1‑141 (MQ=255) tGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTAGATTCCTTTTTAATTGt < 2:125667/141‑1 (MQ=255) gTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGtt > 1:261878/1‑141 (MQ=255) tAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTGTATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTAc < 1:326277/141‑1 (MQ=255) ttAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGATTACAGATACAgggg > 2:334633/1‑141 (MQ=255) tAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGc < 2:48573/141‑1 (MQ=255) tAGTGTTATGGATTGTGCATTTTTCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTTGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTAAATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGc < 2:75809/141‑1 (MQ=255) ttttttATGGATGCTGCCTTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCt < 1:295146/139‑1 (MQ=255) tgctgcATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATAACAGATTGTATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTgt > 2:3248/1‑140 (MQ=255) ttGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTGGTAAAatgat < 1:225964/141‑1 (MQ=255) cTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACACATAACATATCTCTCTTGTTTGGTAAAATGATggg > 2:55058/1‑141 (MQ=255) tGTCTGTGGCTTATGTGGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTGGTAAAATGATGGGTAAAc < 1:178272/141‑1 (MQ=255) tGTCTGTGGCTTATGTGGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTGGTAAAATGATGGGTAAAc < 1:178342/141‑1 (MQ=255) cTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTGGTAAAATGATGGGTAAACATa > 2:79008/1‑141 (MQ=255) tgtgGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACATGGGCTTACTTGTTTGGTAAAATGATGGGTAAACATaa > 1:123824/1‑141 (MQ=255) gtgGCGTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTGGTAAAATGATGGGTAAACATAAg < 2:23406/141‑1 (MQ=255) | CATGCAGGGCCATGGGTACAAGTAATTCAATTAAAAAGTTTAATTGCAATGAGCTTTATTGTATTAAGTTATACTGTCTTATCTAAAAACAGATTTAGTTTTATGGATGCTGCATTTTGCTTAATGTCTGTGGCTTATGTAGGCATTGGT‑TTTATGTTCTTTTATGAAACGAGATCAGAAGGATTACATTACATATTATATGCCTTTTTAATTGTTTGGCTTACAGATACAGGGGCTTACTTGTTTGGTAAAATGATGGGTAAACATAAG > USA300TCH1516_ALE/1279329‑1279598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |