| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 683,202 | T→A | 6.0% | Y23F (TAT→TTT) | ftsL_1 ← | Cell division protein FtsL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 683,202 | 0 | T | A | 6.0% | 288.3 / 8.6 | 101 | Y23F (TAT→TTT) | ftsL_1 | Cell division protein FtsL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/50); new base A (3/3); total (48/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CATCAGAAATAACTGTTTTTGATTGTCTCTTTACTAATTTATTTAACTCTCCATTTTTATCTCTTAATATACGTTGTTCTTCCTGCAAATCTTCAATTTGATTTTGTTTCATTTTAACTTGTTGTTTAGGAATCTGATAACCAATTAAAACAGCACAAAAT‑AATATTACTGTTACAAGAGTAAACATAATAA‑TTTTTTGCTTCATTTATTTTCACTCCTTATCATGAATAAAACTATATCCGTCAGTCATTTTCAATGTACGTTCATTAACTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/683065‑683342 | catcaGAAATAACTGTTTTTGATTGTCTCTTTACTAATTTATTTAACTCTCCATTTTTATCTCTTAATATACGTTGTTCTTCCTGCGAATCTTCAATTTGATTTTGTTTCATTGTAACTTGTTGTTGAGGAATCTGATatc > 1:85260/1‑139 (MQ=255)catcaGAAATAACTGTTTTTGATTGTCTCTTTACTAATTTATTTAACTCTCCATTTTTATCTCTTAATATACGTTGTTCTTCCTGCAAATCTTCAATTTGATTTTGTTTCATTTTAACTTGTTGTTTAGGAATCTGGTacc > 1:329926/1‑139 (MQ=255) tcaGAAATAACTGTTTTTGATTGTCTCTTTACTAATTTATTTAACTCTCCATTTTTATCTCTTAATATACGTTGTTCTTCCTGCAAATCTTCAATTTGATTTTGTTTCATTTTAACTTGTTGTTTAGGAATCTGATAACCa < 2:206542/141‑1 (MQ=255) tcaGAAATAACTGTTTTTGATTGTCTCTTTACTAATTTATTTAACTCTCCATTTTTATCTCTTAATATACGTTGTTCTTCCTGCAAATCTTCAATTTGATTTTGTTTCATTTTAACTTGTTGTTTAGGAATCTGATAACCa < 1:672885/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |