| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 95.7% | 790.2 / 12.5 | 183 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base . (101/74); total (105/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25524‑25799 | tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGACATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaa < 1:699149/141‑1 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAGTaaaaaat > 2:242644/1‑140 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaat > 1:471049/1‑140 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaat > 2:732632/1‑140 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatgtac > 1:646910/1‑136 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt < 2:262025/141‑1 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc > 1:141646/1‑141 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCt > 1:9040/1‑141 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAATGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAACTTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTACTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATTCATcaa > 2:654579/1‑139 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTACTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACACCtt > 2:146615/1‑140 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAAATCTa > 2:530245/1‑141 (MQ=255) attAGTGATTAAATTTACATAGTTTTCACTAAGTATTGAATGAACTTGGTTTTCTCAATATCCAAAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGGAACACGATTTCGTATTTTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa < 2:34846/139‑1 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 1:684052/1‑141 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa > 2:570983/1‑141 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa > 2:739544/1‑141 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTTACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 2:251271/141‑1 (MQ=255) tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTAGTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTCCTATACTACAAATAAAAAAA‑ATACATCCAAAGGtt > 2:375651/1‑141 (MQ=255) gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTa > 1:80720/1‑141 (MQ=255) gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTa > 1:631306/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGATTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATGGCAGCACTATTCACTTTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 1:296569/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 1:719768/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTGaaa > 1:101848/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTATTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTaaa > 2:45307/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACGAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAGTTGTAGCCCTATCTATTATGTTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 2:387415/141‑1 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 2:17793/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAGTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 2:114248/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:175117/1‑141 (MQ=255) ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg > 1:728031/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 1:30107/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 2:47457/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCATGGTTTTCTCACTATCGAGAAAGTTGCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa < 1:446716/141‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 1:665578/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 1:20188/1‑141 (MQ=255) ggttttCAACAAATATTGAAGGATATAGGTTGTATGAATATACAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGAAGCACTATTTCTTAGGATGTGTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 2:367358/136‑1 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTACTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAACATAg > 1:154641/1‑141 (MQ=255) gaaaGTATTGAAGGAGGTTGGTTGTCTCAATATCCAGAAAGTTTATTTA‑‑TAATTGTAACACTATTTCTTATGCTGTTGAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAGGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTag < 2:315419/139‑1 (MQ=255) acAAGTATTTAAGTATCTTGGATTTCTCAATATCAAGAAAATTTCTTCACGTAATT‑CAACA‑AAAGACATATGTTGTTTAAGAAATAAAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTag < 2:355429/140‑1 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCCCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAACT‑AAAAAGTATACATCTCCAGGTTAAATTCAGGACAAATAGAATTaga > 1:692024/1‑141 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaga > 1:60251/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 1:781308/1‑141 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGCATTAGAGAAtataa > 2:440077/1‑140 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 1:641606/1‑141 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTGTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtataa > 2:641170/1‑140 (MQ=255) gATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaaaa > 1:4308/1‑141 (MQ=255) gATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATAAAAACTAGAATTAGAGAATATAGaaaa > 2:170716/1‑141 (MQ=255) aTCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc < 1:754383/141‑1 (MQ=255) aTCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc < 2:41637/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 1:412219/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTATTATGCTGTTTAATTACTATCCTGCCTCT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa < 1:371543/141‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 1:519336/141‑1 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 1:13811/1‑141 (MQ=255) ttatcAATAAGCAGAAATTTTATTTA‑‑TAATTGTAGCAATATTTCTTATGAAGTTTAATTAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGaa < 2:712568/138‑1 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGTTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGAGAACAAAAAGGAAttt > 2:60022/1‑141 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAACTGTAGCACTATTTCAAATGGTGCTTAATTATTGTTCTACACA‑AAAAAAAAATACATCTAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc < 1:775434/141‑1 (MQ=255) atatCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 1:220856/141‑1 (MQ=255) atatCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 1:550510/141‑1 (MQ=255) aatCCAGAAATATTATTAA‑‑TAAATAAAGCAATATTTCATAAGAAGTTTAAATACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGATTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCa < 2:221171/140‑1 (MQ=255) tcgaGAACTTTTCTTTA‑‑TAATTGAAAAACTATTTCAGATGAGAGTGAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 2:516740/138‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAGGGAATTTCTCAAGAAACt > 1:462411/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 1:710602/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 1:109825/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGATTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 1:406078/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 1:168851/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAACAATAGAGTTGTAGATTATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 1:25900/1‑141 (MQ=255) tttCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTATCAAGAAACTTTaa > 2:636939/1‑141 (MQ=255) cTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAACATATACATCTAAAGGTTAAATTAATCAAAAATACAATTAGAGAATATACAAACAAAAAACGACTTTCTCAAGAACCTTTAAATa > 2:680121/1‑141 (MQ=255) ttA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:193863/141‑1 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAt < 1:582278/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:340802/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:629226/141‑1 (MQ=255) ttGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTa < 1:639495/141‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAAAATTaaa > 2:476168/1‑141 (MQ=255) tAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa < 1:378817/141‑1 (MQ=255) aGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaaa > 2:463454/1‑140 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt > 1:225832/1‑141 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 1:759487/1‑141 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 2:584315/1‑141 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAAAATTAAAAGTGTCTAGGCaa > 2:66759/1‑141 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:49295/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:590933/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 1:765905/1‑141 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:331140/141‑1 (MQ=255) tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt > 2:154012/1‑141 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAACGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 1:291890/1‑141 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 1:237980/1‑141 (MQ=255) ttAATTACTATACGACAAA‑CAAAAAATGTTGATCTTAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTATCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTATAAGCAACCTCGTAAt > 2:323186/1‑141 (MQ=255) tAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAta > 2:604597/1‑140 (MQ=255) tAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATg > 1:542039/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAGTATACATCTAAAGCTTAAATAAATGAAAAATAGAATTTGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAGTTTCTCAAACAACTTTAAGGAAAAAATTAAAATTGTGTGTGTAAACTATTTAtaa > 2:192704/1‑139 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 1:352148/1‑141 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAATTTAAGTAAAGAATAAAAAATGACTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 2:211570/1‑141 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGa > 1:362961/1‑141 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGa < 1:512825/141‑1 (MQ=255) acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAACAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa > 1:407402/1‑141 (MQ=255) acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa > 1:478615/1‑141 (MQ=255) acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa < 2:767230/141‑1 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 2:497509/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 1:123528/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 2:749070/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATAAACATCCAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTACGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 2:286169/1‑141 (MQ=255) | TTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTA‑‑TAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25524‑25799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |