| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,667 | G→A | 19.3% | Q37* (CAA→TAA) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,667 | 0 | G | A | 19.3% | 168.1 / 30.9 | 86 | Q37* (CAA→TAA) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/40); new base A (9/8); total (38/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
AACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAA > USA300TCH1516_ALE/2373528‑2373807 | aaCGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACCCCTGCTAAACTTAAAACTTGc < 1:702730/141‑1 (MQ=255) gtcAAGTGGATATTTAGCGATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAGATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCgg < 2:218961/139‑1 (MQ=255) cGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAATATAGCACCTTGGTCCATTTTCATTTTTTTTGATACGCCTTTACCACCTGCTAAACTTAAAACTTACgg < 2:130658/141‑1 (MQ=255) aTTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTa > 1:539767/1‑141 (MQ=255) tGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAAc < 2:534902/141‑1 (MQ=255) tGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAAc < 1:583932/141‑1 (MQ=255) tGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAAc < 2:714634/141‑1 (MQ=255) ggATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAACTGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTATCACCTCCTAAACTTAAAACTTACGGGTTCACt > 2:592262/1‑141 (MQ=255) ggATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACt < 1:713847/141‑1 (MQ=255) tatTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCt < 2:650861/141‑1 (MQ=255) tttAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTaa < 1:107532/141‑1 (MQ=255) tttAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTaa < 2:697736/141‑1 (MQ=255) tAGCTATCAGTCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTaaaa < 2:76808/141‑1 (MQ=255) aGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAat < 1:672838/141‑1 (MQ=255) tAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGc < 1:754263/141‑1 (MQ=255) ccccATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCAt > 1:416315/1‑141 (MQ=255) ctcATGAATAGCGAGCCGACAAATGCTGATAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATa < 2:590385/139‑1 (MQ=255) cccATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTAGGATGAGGGATTGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATa < 2:351490/141‑1 (MQ=255) gtGAATAGCGAGCCTACAAAGGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTGTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑t < 2:748522/140‑1 (MQ=255) tGAAAAGCGAGCCTACAGATGCTGCTAATGCAATCGCTACAAAAATGGCAACTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCGTTAACAACTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑Ta < 2:25877/141‑1 (MQ=255) gAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑Taa > 2:500566/1‑141 (MQ=255) aTAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATCTAGGCCATAGA‑AAAGa > 2:414998/1‑141 (MQ=255) aTAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGa < 2:733029/141‑1 (MQ=255) aTAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGa > 1:727166/1‑141 (MQ=255) aGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCCCCTTTGTCCATTGCCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTtg < 1:650652/141‑1 (MQ=255) gCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTtgt > 1:77679/1‑141 (MQ=255) gCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTtgt > 1:662496/1‑141 (MQ=255) ccTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGACTTTAACACTTGCTAAACTTAAAACTTGCTGGTTAACTGCTAAAATACAGTCCATAGA‑TAAGAAAGTtgtg < 2:239954/141‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCg > 1:483014/1‑141 (MQ=255) aaTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCg < 1:449376/141‑1 (MQ=255) tgctAATGCAGTCGCTACAAAAATCGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTaa < 2:495133/141‑1 (MQ=255) gctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg > 1:519619/1‑141 (MQ=255) aTGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGAttt > 1:317756/1‑141 (MQ=255) tGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑AAACAAAGTTGTGATACCGCCTAAAATTtc > 2:722982/1‑141 (MQ=255) tGCAGGCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATGTTCATATCCTCTGATACGCCTTTAACACCCGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGGGATACCGCCTAAGATTtc < 2:248416/141‑1 (MQ=255) gCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTtct < 1:628833/141‑1 (MQ=255) gTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCtt < 1:314903/141‑1 (MQ=255) cTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaa < 1:585672/141‑1 (MQ=255) cTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaa < 2:539767/141‑1 (MQ=255) aCAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAg > 1:541693/1‑141 (MQ=255) aCAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAg < 2:778762/141‑1 (MQ=255) aaaTGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTg > 1:617343/1‑141 (MQ=255) gCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCa > 2:701180/1‑141 (MQ=255) aCCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCata < 1:652092/141‑1 (MQ=255) gTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAACACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCCACTAAGATTTCTCTTTTAACGTTTCTTCCCCAGTTATc > 1:289789/1‑141 (MQ=255) aTTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTCACACCTGCTAAACTTAAAACTTGTGGGGTAACTGCGAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAAc < 1:569626/141‑1 (MQ=255) tCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTTCTAAACTTAAAACTTGCTGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGa < 2:63210/141‑1 (MQ=255) cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAAATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTACATATTTATCGAACTGGaa > 2:573566/1‑141 (MQ=255) tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAAt > 1:678143/1‑141 (MQ=255) atCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGACTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTCGAAATa > 2:731022/1‑141 (MQ=255) tcttctGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTACAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGCAATAg > 1:504712/1‑141 (MQ=255) tACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCAc > 1:405810/1‑141 (MQ=255) tACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTACGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCAc > 1:742637/1‑141 (MQ=255) cGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGa > 2:248519/1‑141 (MQ=255) 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ttAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGGAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTaaa < 1:743361/141‑1 (MQ=255) ttAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTaaa < 1:121260/141‑1 (MQ=255) ataaCTTGCTTGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt < 1:102033/139‑1 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt < 1:303603/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTAGAAATAGTTTTTCACGACTAGATGCTCCTTTTTTTAAAAt > 2:258242/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCACATTTATCGAACTAGAAATAGTTGTTCACGCATGGATGCTCCTTTTTTTTAAAt > 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AACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAA > USA300TCH1516_ALE/2373528‑2373807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |