| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 2,211,678 | 1 | . | G | 6.2% | 644.5 / 35.0 | 144 | intergenic (‑404/+142) | USA300HOU_2086/yidC | hypothetical protein/hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (81/54); new base G (6/3); total (87/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TGCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAA > CP000730/2211538‑2211817 | tGCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGaaa < 1:714810/141‑1 (MQ=255) cacTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAa‑tcatc > 1:368197/1‑141 (MQ=255) cTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCtt < 2:202932/141‑1 (MQ=255) gatgaATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTAc < 1:798945/141‑1 (MQ=255) 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gATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGcac < 2:976376/141‑1 (MQ=255) gatgatttCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATGATCTTCAACTTTTAGGGTGcac > 1:340743/6‑141 (MQ=37) aTGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGcaca < 1:656941/141‑1 (MQ=255) aTGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGcaca < 2:1601656/141‑1 (MQ=255) aCTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACatta < 2:334591/141‑1 (MQ=255) cacaTTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTgg < 1:10612/141‑1 (MQ=255) acaTTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGa > 2:499533/1‑141 (MQ=255) caTTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGAc > 2:1330133/1‑141 (MQ=255) tttGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt < 2:1085208/141‑1 (MQ=255) tttGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:1033790/1‑141 (MQ=255) tGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGc > 1:340418/1‑141 (MQ=255) aa‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTaa > 2:1312935/1‑141 (MQ=255) | TGCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAAACTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAA > CP000730/2211538‑2211817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |