| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 96,912:1 | +A | 6.4% | intergenic (+1428/+51) | gloB → / ← USA300HOU_0095 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 96,912 | 1 | . | A | 6.4% | 733.6 / 37.3 | 172 | intergenic (+1428/+51) | gloB/USA300HOU_0095 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (87/74); new base A (5/6); total (92/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
GTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATATTCAA > CP000730/96772‑97049 | gttgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Ga < 2:1260009/141‑1 (MQ=255) gttgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Ga > 1:1110555/1‑141 (MQ=255) ttgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Gaa > 2:914316/1‑141 (MQ=255) tgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Gaaa < 1:1304539/141‑1 (MQ=255) gtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Gaaaa > 2:1028329/1‑141 (MQ=255) atatGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatct > 2:366329/1‑137 (MQ=38) tGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatcttac < 2:1398389/141‑8 (MQ=37) tGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatcttac < 1:372560/141‑8 (MQ=37) gTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCActgct > 1:1066982/1‑141 (MQ=255) tGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCActgctg < 2:798319/141‑1 (MQ=255) aTTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAAT‑ATCTTACTGCTGttt < 1:590330/141‑1 (MQ=25) ttttAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGttttt < 1:1072193/141‑1 (MQ=255) tttAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGtttttt > 1:518240/1‑141 (MQ=255) tAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatcttact > 1:783126/1‑121 (MQ=37) tAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatcttact < 2:783126/129‑9 (MQ=37) aGCTCTAAATAGTATTAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTaaa < 1:1378564/141‑1 (MQ=255) aGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTaaa < 1:272788/141‑1 (MQ=255) aGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTaaa < 1:1182415/141‑1 (MQ=255) aGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTaaa > 1:875277/1‑141 (MQ=255) gCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAg < 2:1613878/141‑1 (MQ=255) gCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAg > 1:1613878/1‑141 (MQ=255) gCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAg < 2:922645/141‑1 (MQ=255) ctctAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAgg < 2:648623/141‑1 (MQ=255) tAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGttt > 1:1320919/1‑141 (MQ=255) aaacaGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTta < 2:230375/137‑1 (MQ=255) aaaTAGTATAAGATTGAAAAAGGTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAAGT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTta < 1:1546516/141‑1 (MQ=255) tataAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCTTACAATTTGGATGATTATTAATATAGAAACTTCAGTAATAT‑TTTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTc > 1:328073/1‑141 (MQ=37) tataAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTc < 1:48/141‑1 (MQ=255) tataAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTc < 1:234899/141‑1 (MQ=255) tataAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTc > 1:1335852/1‑141 (MQ=255) tataAGATTGAAAAAGTTGTTACTGCTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTCACTGCCGTTTTTTAAAGGTTTATACATc > 1:1148286/1‑141 (MQ=255) taAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAATCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCAt < 2:803487/141‑1 (MQ=255) taAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCAt > 2:1351985/1‑141 (MQ=255) aGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATcc > 2:1534053/1‑141 (MQ=255) aGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATcc > 1:902411/1‑141 (MQ=255) gATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCct < 1:390993/141‑1 (MQ=255) ttGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCctct > 2:862269/1‑141 (MQ=255) tGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTa < 1:1646748/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAat > 1:47622/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAat > 1:1009765/1‑141 (MQ=255) aaaGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAatt > 2:1375284/1‑141 (MQ=255) gttgttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAattatt > 2:414878/1‑141 (MQ=255) ttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTaaa > 2:330675/1‑141 (MQ=255) ttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTaaa < 1:1138351/141‑1 (MQ=255) tACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTaaaa < 1:1422583/141‑1 (MQ=255) aCTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTtaaaa > 1:557850/1‑141 (MQ=255) cTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaat > 2:532895/1‑141 (MQ=255) tGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaata > 2:1169780/1‑141 (MQ=255) tGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaata > 2:1576231/1‑141 (MQ=255) tGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaata < 1:420656/141‑1 (MQ=255) ttttAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaataat < 1:1463608/141‑1 (MQ=255) tttAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAAtaatt < 2:1520023/141‑1 (MQ=255) aaTGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATg > 1:1130384/1‑141 (MQ=255) tGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGt > 2:966962/1‑141 (MQ=255) aTCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAACAATAATTAATGGTAt > 2:1422887/1‑141 (MQ=255) cACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTAttt > 2:577693/1‑141 (MQ=255) cGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGa > 1:468674/1‑141 (MQ=255) aTGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGc > 1:1338643/1‑141 (MQ=255) gAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCAc > 2:912739/1‑141 (MQ=255) aaGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCActg < 1:292040/74‑1 (MQ=255) aGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTATTTTTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGt > 2:1085231/1‑141 (MQ=255) cATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTa < 2:1335852/141‑1 (MQ=255) tCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCg < 2:746332/141‑1 (MQ=255) aTAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACt > 2:680293/1‑141 (MQ=255) gcaTGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAt < 2:61155/139‑1 (MQ=255) gAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAt > 1:121811/1‑141 (MQ=255) aaTGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATAGTATTTGAGCACGTTTATCTACTTTagt > 2:1403040/1‑139 (MQ=255) gATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAtgact > 2:148096/1‑141 (MQ=255) aTTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAACATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAtgactg > 2:1583433/1‑141 (MQ=255) ttATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAtgactga > 1:1428907/1‑141 (MQ=255) tGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAt > 2:272498/1‑141 (MQ=255) tGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAt > 2:147178/1‑141 (MQ=255) gAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAtt < 1:1631022/141‑1 (MQ=255) aaaaTAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTa < 1:150798/141‑1 (MQ=255) aaaaTAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTa < 1:541558/141‑1 (MQ=255) aaaTAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTAc < 2:252395/141‑1 (MQ=255) tAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTGCCTGCGGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCaa > 1:380362/1‑141 (MQ=255) gAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAAtt < 1:744318/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAAttt > 1:638498/1‑141 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAAttt > 1:1174946/1‑141 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTc > 2:1480104/1‑141 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTc > 2:595716/1‑141 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTc > 1:694785/1‑141 (MQ=255) aCAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAAT‑ATCTTACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTcc > 1:771958/1‑141 (MQ=37) aCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTcc < 2:104274/141‑1 (MQ=255) aCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTAGTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTcc < 2:428889/141‑1 (MQ=255) cagcagTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAAT‑ATCTTACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCa > 1:1204955/1‑141 (MQ=37) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCAt < 2:1521136/141‑1 (MQ=255) agTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTCCCAATTTCCATTTc > 2:18170/1‑141 (MQ=255) aGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGc > 2:1305621/1‑141 (MQ=255) gAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGcc < 2:1133017/141‑1 (MQ=255) t‑atTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAg < 1:1482579/141‑1 (MQ=255) ttCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGatat < 2:466898/141‑1 (MQ=255) ttCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGatat < 1:1362581/141‑1 (MQ=255) tCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATAtt > 1:731975/1‑141 (MQ=255) tAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATATTCa < 1:1297080/141‑1 (MQ=255) tAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATATTCa < 1:147178/141‑1 (MQ=255) aaTT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATATTCaa < 2:894237/141‑1 (MQ=255) aaTT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATATTCaa < 1:363594/141‑1 (MQ=255) aaTT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATATTCaa > 2:20616/1‑141 (MQ=255) | GTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAGATATTCAA > CP000730/96772‑97049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |