| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000730 | 2388283 = | 146 (1.130) | 4 (0.040) | 4/220 | NT | 3.3% | intergenic (+18/+84) | USA300HOU_2247/USA300HOU_2248 | MFS family major facilitator transporter/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2388362 = | 106 (0.950) | intergenic (+97/+5) | USA300HOU_2247/USA300HOU_2248 | MFS family major facilitator transporter/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TCTTAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTA‑TTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTTATAG > CP000730/2388222‑2388502 | cttAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAg > 2:159746/1‑141 (MQ=255) acttCATGGACGTCAAGTAACTTGAAAAGCCATGAACTAGATATATATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTTTCTGTCCCCATGCCGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGATTTATAAAtta > 2:59461/3‑140 (MQ=255) tCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTa > 2:1015840/1‑141 (MQ=255) cATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAg > 2:937775/1‑141 (MQ=255) cATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAg > 2:319388/1‑141 (MQ=255) cATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAg < 2:395304/141‑1 (MQ=255) cATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAg > 1:1598234/1‑141 (MQ=255) tGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGtt > 1:582624/1‑141 (MQ=255) tGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGtt > 1:146969/1‑141 (MQ=255) tgACGTCATGTAACTAGATATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAACCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGttt < 1:413394/140‑1 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aaTATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTA‑TTTCTTTAGTAAt < 1:1099485/141‑1 (MQ=255) atatTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTA‑TTTCTTTAGTAAtt > 2:1415136/1‑141 (MQ=255) tataTTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGc > 2:589813/1‑110 (MQ=255) tataTTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTA‑TTTCTTTAGTAATTTTATc > 1:824652/1‑141 (MQ=255) atatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTA‑TTTCTTTAGTAATTTTATCt < 1:286035/141‑1 (MQ=255) atatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATATCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGATTTTAGATTGTAACGCTTAACACTTCTA‑TTTCTTTAGTAATTTTATCt > 2:1492264/1‑141 (MQ=255) 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CP000730/2388222‑2388502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |