| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,504,989 | T→C | 7.7% | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_2365 → / ← gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,504,989 | 0 | T | C | 7.7% | 477.1 / 8.2 | 197 | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_2365/gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/72); new base C (9/9); total (116/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > CP000730/2504849‑2505129 | tttGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGCGGTCACCACGCTCCGGCTCGCCCGCGCTTTAGCGCATGCATACAAGCCCCTAACAACCTGACGTCACTACGCGACCGCTCGCCTGCGCTTTAGCGCACGCATAAAAGt > 2:375150/1‑141 (MQ=11) tGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTACGCGTCGGTTCGCCTGGGCTGTAGCGAATGCATAAAAGAcc > 2:1382213/1‑141 (MQ=14) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCCGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTccc < 1:939201/141‑1 (MQ=255) cgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCt > 1:1606286/1‑141 (MQ=255) gcatgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTa < 1:1554740/141‑1 (MQ=255) gcatgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTa < 1:1111271/141‑1 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaa < 1:1016641/141‑1 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaa > 2:1301554/1‑141 (MQ=12) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCGCTACGCTTCGGATCGCCCACGCAGTAGCGCATGAATAAATGCACCTaa > 2:1128270/1‑141 (MQ=14) atgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCttac < 2:606562/141‑4 (MQ=2) gcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGGTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa > 2:1425244/1‑141 (MQ=255) gcatAAAAGCCACTAACATCCTGAGGTCACTGCACTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCTGATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTACGCTTCGTTTCGCCTGCGCTTTAGTGCATGCATACAAGTCCCTaacaa > 1:204262/1‑141 (MQ=14) atAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAAcc < 1:1192071/141‑1 (MQ=255) aaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGa > 2:322415/1‑141 (MQ=255) aaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGa > 2:237999/1‑141 (MQ=255) aaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGa > 2:578177/1‑141 (MQ=255) cTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTGCGGATCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCACTAACAACCGGAGGTCACt > 1:598774/1‑141 (MQ=255) cTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCGTTTCGCCTGCGCATTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAAccaaccgttgcc > 2:1458140/1‑131 (MQ=14) acaagCTGGGGTCGCTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg < 2:667082/141‑1 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACCACg > 2:1600012/1‑141 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACCACg > 2:1182454/1‑141 (MQ=255) aacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCt > 1:826156/1‑141 (MQ=255) cTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATGAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTcc > 2:106110/1‑141 (MQ=255) cTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTcc > 2:211148/1‑141 (MQ=255) tGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCg > 1:290737/1‑141 (MQ=255) gTCGCTGCGCTCCGGTTCGGCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 2:979110/141‑1 (MQ=255) gTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 2:1585606/141‑1 (MQ=255) cACTGCGCTCGGGTTCGCCTGCCCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGcc < 2:740145/141‑1 (MQ=255) cACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCAGAGGTCAGAACGCtcatttacgct > 2:1489919/1‑131 (MQ=14) cTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCCTGCATAAAAGCCGCTAACAACCTGAGGCCACCACGCTTTGTTTAGCCTCCGCTTTAGCGCATGGATAAAAGTCTCTAACAACCTAGCGTCGTGACGCGACCGTTCGccag > 2:1200353/1‑139 (MQ=9) tGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCCGAGGTCACTACGCTCCCGTTCGCCTgc > 2:913793/1‑141 (MQ=255) gcgcTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTgcg > 1:586828/1‑141 (MQ=255) cgcTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCATgcgc < 1:719373/141‑1 (MQ=255) gcTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCCGAGGTCACCACGCCCCCGCTCGcccccgcc > 2:526528/1‑135 (MQ=17) tCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCttt > 1:775217/1‑141 (MQ=255) cGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGGGCTTTAGCGCATGCATAGAAGTCCCTAACAACCTGCGGTCACTACGGTTCTGTTCGctttcccattag > 2:1063504/1‑130 (MQ=14) ggTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgc < 1:1525291/141‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCAGACGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgcg > 1:1193979/1‑141 (MQ=255) ttCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGGCACTACGCTGCGGTTCGCCTGCGGTTGAGCTCATGCATAGAAGGCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgcgc > 1:1402740/1‑141 (MQ=14) tCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca > 2:81494/1‑141 (MQ=255) cGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcat > 1:1040915/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCTTTCGCCTGCACTGTATCgcatgc > 2:1233302/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCCGATCGCCCGCGCAGTAGCgcatgc > 2:758382/1‑141 (MQ=14) cttcgcTGTTGCGCATGCATAAAAGCCCCCAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca < 2:293482/138‑1 (MQ=11) cTGTGCTTTTGCGGATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca < 1:300626/141‑1 (MQ=255) ctccccttcccccatgcctAACAGCCCCTTACCACCTGAAGTCACTCCACATCGCTTCGCCCGCGCTTTAGCGCATGCATAACAGCCCCTACCAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 2:1450684/129‑1 (MQ=11) gcTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaaa < 1:322415/141‑1 (MQ=255) tttAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAg < 1:133847/141‑1 (MQ=255) aaaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGc > 2:1503362/3‑141 (MQ=255) tAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAGGcc < 1:1474812/141‑1 (MQ=255) tAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGcc > 1:659274/1‑141 (MQ=255) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCCGTTCGCCTGCGCATTAGCGCATACATAAAATcccc > 2:770431/1‑141 (MQ=255) atgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaac < 1:237999/141‑1 (MQ=255) ccatacactccccTCACACCCTTATTTCACCACACTTCCCTTCCCCTGCCCTTTACCGCATCCATAAAACTCCCTAACAACCTCAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa < 2:1531744/132‑1 (MQ=9) tAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCGCCCGTTCGCCTGCGCATTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑a > 2:696554/1‑141 (MQ=255) aaGCCCCTAACCACCTGAGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAg < 2:189317/141‑1 (MQ=255) aaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTTACAAcctttg < 1:105487/141‑5 (MQ=255) aGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTTACAAcctttgg < 2:826156/141‑6 (MQ=255) gCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATACATGAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGt > 1:30718/1‑141 (MQ=255) gCCCCCTACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGt < 1:1278125/141‑1 (MQ=255) tAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTaa > 1:862871/1‑141 (MQ=255) tAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTGCCGTTAGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAAGGTTGTa > 2:828186/1‑141 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAgg < 1:526528/141‑1 (MQ=255) cagccTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAGAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTTACAACC‑TTTGGTTGTTAggg < 1:1138145/138‑1 (MQ=14) ccTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCt > 2:433239/1‑141 (MQ=255) ccTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCt < 1:352135/141‑1 (MQ=255) cTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCtt > 1:1170931/1‑141 (MQ=255) cTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCATTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCtt > 2:1103037/1‑141 (MQ=255) tGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCttt > 1:1622352/1‑141 (MQ=255) ggTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaac > 1:499870/1‑54 (MQ=255) gTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAAt > 1:613288/1‑141 (MQ=255) cACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGt < 1:1382227/141‑1 (MQ=255) aCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AACGGTTGTAAGGGTCTTTAAATGTCAGa > 2:1007462/1‑141 (MQ=255) cGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGAt < 1:953105/141‑1 (MQ=255) cGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCAGGCATAAAAGTCCCGAACAACCTGAGGTCACTACGCGTCCGTTCGCCCGCGCATTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGAt > 2:1653885/1‑141 (MQ=18) gCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATa > 1:1210475/1‑141 (MQ=255) cTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAg > 1:150050/1‑141 (MQ=255) ttCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTa > 1:448630/1‑81 (MQ=255) cGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAt > 2:1392295/1‑141 (MQ=255) cGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAt < 1:732190/141‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAttt < 1:1146129/141‑1 (MQ=255) cGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAtttttt > 2:1624894/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTaa > 2:104642/1‑141 (MQ=255) cTGCGCTTTAGCGCATGCATGAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTaaa < 1:106110/141‑1 (MQ=255) cTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCCGTTCGCCTGCGCTCTAGCGCACGCATAAAAGCCCCTAACACCC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTaaa > 1:744046/1‑141 (MQ=255) tGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAAt < 1:1648799/141‑1 (MQ=255) cgcTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTg > 2:286220/1‑141 (MQ=255) ttAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGAttt < 2:35808/141‑1 (MQ=255) aGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTCCGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGGTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTa > 2:1530577/1‑141 (MQ=255) aGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTa > 2:449383/1‑141 (MQ=255) gcgcATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTaa > 2:1116305/1‑141 (MQ=255) catgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAata > 1:1391395/1‑141 (MQ=255) tgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATAtt > 1:758730/1‑141 (MQ=255) catAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCt < 1:1538983/141‑1 (MQ=255) ctAAAAGCCCCTAACAACCTGGGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCtt < 1:168319/140‑1 (MQ=255) atAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCtt > 2:1269312/1‑141 (MQ=255) tAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTg > 1:1375991/1‑141 (MQ=255) aaaGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAc > 1:1439099/1‑141 (MQ=255) aaGTCCCTAACAACCTGAGGTCAATACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAcc > 1:387049/1‑141 (MQ=255) aGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCt < 2:899029/141‑1 (MQ=255) | TTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACC‑AAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > CP000730/2504849‑2505129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |