| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 576,915 | C→G | 6.2% | intergenic (+338/‑1) | gltX → / → cysE | glutamate‑‑tRNA ligase/serine O‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 576,915 | 0 | C | G | 6.2% | 488.7 / 22.3 | 146 | intergenic (+338/‑1) | gltX/cysE | glutamate‑‑tRNA ligase/serine O‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/79); new base G (5/4); total (63/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AAATGAATTAAATATATAATGAGAGTGATGAGCATTAAGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATGGTATTTGAGCAGGAT > CP000730/576775‑577053 | aaaTGAATTAAATATATAATGAGAGTGATGAGCATTAAGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACAGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAAc > 2:767504/1‑141 (MQ=255) aaTGAATTAAATATATAATGAGAGTGATGAGCATTAAGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACt < 2:892348/141‑1 (MQ=255) gAATTAAATATATAATGAGAGTGATGAGCATTAAGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAC‑ATACAAGTTGTa < 2:656640/141‑1 (MQ=255) aTTAAATATATAATGAGAGTGATGAGCATTAAGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑t < 1:201359/141‑1 (MQ=255) 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2:484539/141‑1 (MQ=255) gCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGatat > 1:693457/1‑141 (MQ=255) ggAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATaa > 2:1163669/1‑141 (MQ=255) aaGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATaaaa < 1:665509/141‑1 (MQ=255) cgcCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATg > 2:1435412/1‑141 (MQ=255) ccTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTGATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAAAGAAGATATAAAAATGGt < 2:1359698/141‑1 (MQ=255) cactAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAGAGGCGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATGGTa > 2:1104466/3‑141 (MQ=38) ctAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATGGTAtt > 1:1271249/1‑141 (MQ=255) tAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGaggagg > 1:953583/1‑94 (MQ=255) tAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGaggagg < 2:953583/94‑1 (MQ=255) aCAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTTATTTTTTTTTTCGCAGTTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCACTCATTGAGGAGCAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAAAGACGATATAAAAATGGTATTTGa > 2:269173/1‑141 (MQ=255) acaTACAAGTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTCTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATGGTATTTGAg > 1:1221408/3‑141 (MQ=255) aCAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATGGTATTTGAGCAgg < 1:266996/141‑1 (MQ=255) aaCTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATGGTATTTGAGCAGGAt > 2:486637/1‑141 (MQ=255) | AAATGAATTAAATATATAATGAGAGTGATGAGCATTAAGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTTAAAAAGAATGAGAGACGATATAAAAATGGTATTTGAGCAGGAT > CP000730/576775‑577053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |