| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,710,898 | (T)6→7 | coding (29/1812 nt) | oatA ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,710,892 | 1 | . | T | 91.8% | 136.5 / 7.7 | 49 | coding (35/1812 nt) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base T (24/21); total (27/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
ACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCT > CP000730/2710756‑2711025 | aCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑tttt > 1:483692/1‑141 (MQ=255) gAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTTTTTCt > 2:475774/1‑141 (MQ=255) aCGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGTGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACg > 2:592630/1‑141 (MQ=255) cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGt > 2:386142/1‑141 (MQ=255) 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1:375611/141‑1 (MQ=255) cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCCTTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaa > 1:207496/1‑141 (MQ=255) tGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaata < 1:186252/141‑1 (MQ=255) aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 1:418203/1‑141 (MQ=255) aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 1:478013/1‑141 (MQ=255) aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATGGATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 1:116119/1‑141 (MQ=255) 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2:159377/1‑141 (MQ=255) cgcgGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAttt < 1:592630/141‑1 (MQ=255) gcgGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTa > 2:100768/1‑141 (MQ=255) gcgGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTa < 1:17285/141‑1 (MQ=255) gtaaTA‑CATTTTTTTCTAAACGTTGAAAGTCTTTTGTATCCATTTTAATAGACGCCCCATTTATTTTTGTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAGccc < 2:514212/139‑1 (MQ=255) ggAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCAATAATTGATTTAAccc > 1:359124/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |