| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2248208 = | 83 (0.940) | 6 (0.070) | 6/248 | NT | 7.2% | intergenic (+2/+128) | coaA/USA300HOU_2120 | possible pantothenate kinase/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2248263 = | 74 (0.870) | intergenic (+57/+73) | coaA/USA300HOU_2120 | possible pantothenate kinase/hypothetical protein | |||||
ACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCAGTTTTTAAAT > CP000730/2248123‑2248403 | aCTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAACAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCtttta > 2:246145/1‑141 (MQ=255) tgtgTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttatt < 1:463127/141‑1 (MQ=255) tgtgTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttatt < 1:463019/141‑1 (MQ=255) tgtTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttatttt < 1:665490/141‑1 (MQ=255) attttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaataaaaggccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttatttta < 2:761794‑M2/6‑1 (MQ=255) gcgGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTc < 1:562514/141‑1 (MQ=255) ggTTGCATACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAACCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTa > 1:859128/1‑141 (MQ=255) ggTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTa > 2:861139/1‑141 (MQ=255) cAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtgt < 2:1077088/141‑1 (MQ=255) aaCCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGGCCATTTATGTGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGttt < 2:611080/141‑1 (MQ=255) aaCCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCAATAAATAAAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGttt < 2:536347/141‑1 (MQ=255) aaCCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTGTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGttt > 2:363069/1‑141 (MQ=255) gTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑Gaa < 2:616284/141‑1 (MQ=255) gTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑Gaa > 2:934836/1‑141 (MQ=255) gTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑Gaa > 1:632140/1‑141 (MQ=255) aCTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATTGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATa < 2:473714/141‑1 (MQ=255) tATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTATTGTTTT‑GAATTCg > 2:919965/1‑141 (MQ=255) tATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACg > 2:148998/1‑141 (MQ=255) tATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACg > 1:497520/1‑141 (MQ=255) tATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACg > 2:468300/1‑141 (MQ=255) aTGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCAATTGGTGCATTCTCTTTAGCAAACTTGACACAGGCCACTTATATTAGGGTTATTTTCATGACACTCTCTATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGt > 1:486700/1‑141 (MQ=255) ttGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTAtt > 1:639996/1‑141 (MQ=255) gAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTAGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGt < 2:829750/141‑1 (MQ=255) aaCGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTcc < 2:925663/141‑1 (MQ=255) cGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGATGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCAt < 2:863019/141‑1 (MQ=255) ggCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCAtt < 2:75873/141‑1 (MQ=255) gcgcATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCAttt > 2:308230/1‑141 (MQ=255) gcATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATCAACGCTATCTAAATGGCTTTTTATCTCATGCTATAAGTGTTTT‑GAATAAGTATTGTTCCATttat > 1:98998/1‑141 (MQ=255) gcATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATttat > 1:324238/1‑141 (MQ=255) cATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATttatt > 2:516400/1‑141 (MQ=255) aTTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATttatta < 2:942960/141‑1 (MQ=255) aGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACtt < 2:969818/141‑1 (MQ=255) ggTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa > 1:1066244/1‑141 (MQ=255) ggTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa > 2:783149/1‑141 (MQ=255) gCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAtt > 1:927870/1‑141 (MQ=255) cTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAtta < 1:222559/141‑1 (MQ=255) ttgtttcATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATCTAAATGGCCTTTTATTGTATAGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTAAAttactt < 2:634185/135‑1 (MQ=255) tGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAttactta > 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atatTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaat < 1:768615/141‑1 (MQ=255) atatTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaat < 2:997404/141‑1 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattc > 2:759514/1‑141 (MQ=255) tttAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattca > 2:886828/1‑141 (MQ=255) tatagaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattca > 2:60939/3‑141 (MQ=255) gaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTa > 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tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt > 2:251318/1‑141 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt > 2:238096/1‑141 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGt < 2:367914‑M1/141‑1 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGt < 1:663144‑M1/141‑1 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGt < 1:366615‑M1/141‑1 (MQ=255) aaaggccatttatatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGtt > 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aaTGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGcc < 1:498512/141‑1 (MQ=255) tttgctttgtATTTTATTGTTTAAGTGTTTT‑GAATGCGTTTTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACGCAATGCAATTAAAAGGTGAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCGCGCCa < 2:22362‑M2/131‑1 (MQ=255) aTGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCa < 1:391430/141‑1 (MQ=255) aTGGCCTTGTATTTTATGCTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCa < 2:737531/141‑1 (MQ=255) tGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAACCAATTGTACCAACCACGCCAg < 1:21212/141‑1 (MQ=255) cttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCAGtttt < 2:632140‑M2/136‑1 (MQ=255) ttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCAGttttt < 2:927870‑M2/137‑1 (MQ=255) ttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCAGttttt < 1:816422‑M2/137‑1 (MQ=255) tATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCAGTTTTTaaa > 1:732304‑M2/2‑141 (MQ=255) attttatGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCAGTTTTTAAAt > 2:614979/1‑141 (MQ=255) | ACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATTAGACAATTTTTGCGCTGAAACAATTGTACCAACCACGCCAGTTTTTAAAT > CP000730/2248123‑2248403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |