Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 628,481 C→A 5.3% intergenic (‑154/‑116) USA300HOU_0562 ← / → nagB hypothetical protein/glucosamine‑6‑phosphate deaminase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730628,4810CA 5.3% 409.6 / 2.0 126intergenic (‑154/‑116)USA300HOU_0562/nagBhypothetical protein/glucosamine‑6‑phosphate deaminase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (63/55);  new base A (2/6);  total (65/61)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 127 total aligned reads displayed.

ATGTGTTTATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCGA  >  CP000730/628342‑628621
                                                                                                                                           |                                                                                                                                             
aTGTGTTTATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCa                                                                                                                                              <  1:853794/141‑1 (MQ=255)
aTGTGTTTATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCa                                                                                                                                              >  2:505730/1‑141 (MQ=255)
aTGTGTTTATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCa                                                                                                                                              <  1:976744/141‑1 (MQ=255)
    gtTTATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCaaaaa                                                                                                                                          >  1:162433/1‑141 (MQ=255)
     tttATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAAt                                                                                                                                         <  1:384282/141‑1 (MQ=255)
       tATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTAAAAAAATCAAAAAttt                                                                                                                                       <  2:238143/141‑1 (MQ=255)
         tCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAAATGTATACGATTGCTGAATTATTTATAAATTAATTGTCATGGAGGGTAATTACGCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACAAAAAAAAAAAAAAAATttgt                                                                                                                                     <  2:386019/141‑1 (MQ=255)
            ttCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTgg                                                                                                                                  <  1:825757/141‑1 (MQ=255)
            ttCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTgg                                                                                                                                  <  2:84430/141‑1 (MQ=255)
              cTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGaa                                                                                                                                <  1:518348/141‑1 (MQ=255)
              cTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGaa                                                                                                                                >  2:953064/1‑141 (MQ=255)
              cTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGaa                                                                                                                                >  1:1036208/1‑141 (MQ=255)
                aTTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAAtt                                                                                                                              <  1:499793/141‑1 (MQ=255)
                aTTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAAtt                                                                                                                              <  1:552772/141‑1 (MQ=255)
                aTTTTACTAAAAAATATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAAGTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTGTTGGAAtt                                                                                                                              <  2:255106/141‑1 (MQ=255)
                    tACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGaa                                                                                                                          >  1:1061971/1‑141 (MQ=255)
                     aCTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGaaa                                                                                                                         <  1:607512/141‑1 (MQ=255)
                              tATTCTATAATTGTATACGATTGCTAAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGATAATTACACAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAgtaaaaaa                                                                                                                <  2:32595/141‑7 (MQ=255)
                               aTTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAAc                                                                                                               >  2:857229/1‑141 (MQ=255)
                                ttCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACa                                                                                                              >  1:293262/1‑141 (MQ=255)
                                ttCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACa                                                                                                              >  1:939336/1‑141 (MQ=255)
                                ttCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATAAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACa                                                                                                              >  1:67748/1‑141 (MQ=255)
                                  cGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACAtt                                                                                                            >  2:1039886/1‑141 (MQ=255)
                                   gATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑a                                                                                                          >  2:609516/1‑141 (MQ=255)
                                   gATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑a                                                                                                          >  2:383196/1‑141 (MQ=255)
                                    aTAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑aa                                                                                                         >  2:827813/1‑141 (MQ=255)
                                            ataCGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAatgatg                                                                                                 >  1:267992/1‑141 (MQ=255)
                                                 aTTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCtata                                                                                            >  2:621746/1‑141 (MQ=255)
                                                  ttGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTatat                                                                                           <  1:891063/141‑1 (MQ=255)
                                                    gCTTAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTa                                                                                         <  1:699827/141‑1 (MQ=255)
                                                       cAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATg                                                                                      <  1:496803/141‑1 (MQ=255)
                                                        aaTTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATgg                                                                                     <  2:298603/141‑1 (MQ=255)
                                                        aaTTATTTATAAATTAAGTGTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTAAAAAAAAAAAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATgg                                                                                     <  2:735099/141‑1 (MQ=255)
                                                         attattTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATTAAAAAATGATGCTATATTAATgg                                                                                     >  2:691227/1‑141 (MQ=255)
                                                         attattTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGgt                                                                                    >  2:2592/1‑141 (MQ=255)
                                                          ttatttatAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGgtg                                                                                   >  1:336745/1‑141 (MQ=255)
                                                             tttatAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTat                                                                                <  1:375687/141‑1 (MQ=255)
                                                              ttatAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTatg                                                                               <  2:72582/141‑1 (MQ=255)
                                                              ttatAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTatg                                                                               >  1:567814/1‑141 (MQ=255)
                                                               tataAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTatga                                                                              <  2:148839/141‑1 (MQ=255)
                                                                 taAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTatgaat                                                                            >  2:972704/1‑141 (MQ=255)
                                                                  aaaTTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTatgaatg                                                                           <  1:1012027/141‑1 (MQ=255)
                                                                   aattaattTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAAGTTGGTGGAATTTTAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTatgaatga                                                                          >  1:758160/1‑141 (MQ=255)
                                                                   aattaataTTCATGAAAGGTAATTACTCAAGAATAAGTAATCATACAGCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTatgaatga                                                                          <  2:680967/141‑1 (MQ=255)
                                                                      taattTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAAtt                                                                       <  1:847589/141‑1 (MQ=255)
                                                                                gAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTATTAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGTATTCATAAGtttt                                                             >  2:283739/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  aGGGTAATTACTCAGTATTACGTAATGATACAGCATTAGTTTTTTACATTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTGTATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTa                                                           <  2:857425/141‑1 (MQ=255)
                                                                                       aaTTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATg                                                      >  2:497081/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          tACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAGATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTAt                                                   <  2:348412/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          tACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTAt                                                   <  1:345525/141‑1 (MQ=255)
                                                                                             tCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTaa                                                <  2:220235/141‑1 (MQ=255)
                                                                                             tCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTaa                                                >  1:356143/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              cAGGAATACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTaaa                                               <  2:504364/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    tACTTAATCATACAGCAGTATTTTTTGACTTGTAAAAAGCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATGCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTtgtg                                         <  2:78231/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     aCGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAAAATAAGTTGGAATTTGATAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGCTGTATGAATGAATTCATAAGATTTTAAAATGTATTAAAttttttt                                        >  2:218357/1‑137 (MQ=255)
                                                                                                     aCGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTgg                                        >  2:925543/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     aCGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTgg                                        >  1:26122/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      cGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGa                                       >  1:569548/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      cGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGa                                       >  1:527595/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      cGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGa                                       >  1:183762/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        tAATCATACAGCATTAGTTTTTTTTTTTTTTATATAAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTACACTGTATTAAATTTGTGGAgg                                     >  2:533112/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        tAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAgg                                     >  2:14870/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          aTCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCa                                   >  1:429520/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          aTCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCa                                   <  1:967626/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          aTCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCa                                   <  1:989076/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           tCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCCTAAGTTTTTCAAATGTATGGAATGTGTGGAGGCAt                                  >  1:584938/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           tCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCAt                                  >  1:256448/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           tCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCAt                                  <  2:799786/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                            cATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATg                                 <  1:64770/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             aTACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGt                                >  2:676006/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               aCAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTaa                              >  2:222058/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                cAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATATGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTATTTAAACTGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTaaa                             >  2:157590/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aTTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAAt                         <  1:972704/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     ttAGTTTNTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGTAGGCATGTAAACAATg                        <  2:816416/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       aGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGaa                      >  1:690007/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       aGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGaa                      >  2:189075/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         ttttttAATTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGTAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAg                    <  2:30308/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ttttACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTa                  <  1:1022547/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ttttACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATCCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTa                  <  1:550523/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            tttACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTAt                 >  2:681166/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            tttACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTAt                 <  2:109692/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            tttACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTAt                 >  1:1046188/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            tttACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTAt                 >  2:794680/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              tACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTa               >  2:147927/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                               aCTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTaa              <  1:770016/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               aCTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTaa              <  1:606042/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                cTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAACCTATGAAAGTATTaaa             <  2:1046405/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                cTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTaaa             <  2:878096/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                cTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTaaa             <  2:83664/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tttAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACt           >  2:7645/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     aaaaaTCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAg        >  2:1003081/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     aaaaaTCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAg        <  2:855511/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aaaTCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGa      <  2:758160/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         aTCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATc    >  1:838869/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          tCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCg   >  2:311058/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          tCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCg   >  1:736316/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          tCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCg   <  1:859273/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          tCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCg   >  1:385424/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          tCAAAAATTTGTTGGAATTTG‑AAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCGa  >  1:201984/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          acAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCg   <  2:803652/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                             
ATGTGTTTATCTTTCTATTTTACTAAAAACTATTCGATAATTGTATACGATTGCTCAATTATTTATAAATTAATTTTCATGAAGGGTAATTACTCAGGATTACGTAATCATACAGCATTAGTTTTTTACTTTTAAAAATCAAAAATTTGTTGGAATTTGAAAAGTGTTAAACATT‑AAAAATGATGCTATATTAATGGTGTATGAATGAATTCATAAGTTTTTAAAATGTATTAAATTTGTGGAGGCATGTAAACAATGAAAGTATTAAACTTAGGATCGA  >  CP000730/628342‑628621

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑