| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 888,334 | T→A | 5.5% | V219E (GTA→GAA) | aroD → | 3‑dehydroquinate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 888,334 | 0 | T | A | 5.5% | 285.1 / 4.4 | 96 | V219E (GTA→GAA) | aroD | 3‑dehydroquinate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/41); new base A (4/2); total (52/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTATTGCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGCGATTT > CP000730/888198‑888474 | ttATTGCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGATTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGACCGGCTCAAGGCGTTTTTGGTCGCGCGGTTACTTGAGGCTGTTTCGGAGGACca < 2:273643/141‑1 (MQ=255) aTTGCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACcaca < 1:166187/141‑1 (MQ=255) ttGCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACaa > 1:684193/1‑141 (MQ=255) ttGCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACaa > 2:616431/1‑141 (MQ=255) tGCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGTTTGTGTGTTTACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAg > 2:566261/1‑141 (MQ=255) gCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGc < 1:190012/141‑1 (MQ=255) aGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTc > 1:954815/1‑141 (MQ=255) ggCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTcc > 1:915869/1‑141 (MQ=255) ggCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTCCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTcc < 1:784089/141‑1 (MQ=255) cAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAg < 1:388774/141‑1 (MQ=255) aaTGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAgg < 1:619106/141‑1 (MQ=255) aTGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGa < 2:1068681/141‑1 (MQ=255) tACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGAt < 1:848810/141‑1 (MQ=255) aCATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGAtt < 2:917748/141‑1 (MQ=255) aCATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGAtt < 1:500076/141‑1 (MQ=255) cATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTg < 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aTACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTg < 1:784349/141‑1 (MQ=255) tATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGAttt > 1:307441/1‑141 (MQ=255) ggACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTaaa < 2:924653/141‑1 (MQ=255) aCTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAg > 1:641943/1‑141 (MQ=255) aCTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAg < 1:459188/141‑1 (MQ=255) tGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGca > 2:618898/1‑141 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aTTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCATTGACTTATGGTTGTATCGGAGAACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATAc < 2:714421/141‑1 (MQ=255) aaTGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAGCGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACtaata > 2:324181/1‑141 (MQ=255) aaTGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACtaata < 2:681531/141‑1 (MQ=255) aaTGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACtaata > 1:49015/1‑141 (MQ=255) aTGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACtaataa > 1:611831/1‑141 (MQ=255) tCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAAt < 2:337388/141‑1 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tttttGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAAt > 2:534585/1‑141 (MQ=255) ttttGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAAtt > 1:600976/1‑141 (MQ=255) tttGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTg > 1:450003/1‑141 (MQ=255) tttGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTg < 1:905194/141‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTg < 1:429908/141‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTg > 2:176718/1‑141 (MQ=255) tgCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGtat > 2:982093/1‑141 (MQ=255) tgCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGtat < 2:443875/141‑1 (MQ=255) gCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGtatt > 2:1074889/1‑141 (MQ=255) gCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGtatt < 1:952390/141‑1 (MQ=255) cGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGtatta > 1:360136/1‑141 (MQ=255) cGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGtatta < 2:127966/141‑1 (MQ=255) ttGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATc > 1:343820/1‑141 (MQ=255) tGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCa < 1:1055716/141‑1 (MQ=255) tGACTTATGGTTGTATCGGAGAACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCa < 1:769337/141‑1 (MQ=255) tATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTggagg > 2:118169/1‑141 (MQ=255) tATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTggagg > 2:118091/1‑141 (MQ=255) aTCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTggagga > 1:434027/1‑141 (MQ=255) cGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGc < 2:307441/141‑1 (MQ=255) cGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGc < 2:430646/141‑1 (MQ=255) ggAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGCg < 2:830022/141‑1 (MQ=255) gAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGCGa > 2:95266/1‑141 (MQ=255) aGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGCGAt > 2:137814/1‑141 (MQ=255) gTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGCGAtt > 2:946498/1‑141 (MQ=255) tACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGCGAttt < 1:18990/141‑1 (MQ=255) | TTATTGCAGGCAATGTCTACATTTTCAGATACTATGGACTGCAAAGTTGTTGGTATTTCAATGTCTAAACTTGGACTAATAAGTAGAACGGCTCAAGGCGTTTTTGGTGGTGCGTTGACTTATGGTTGTATCGGAGTACCACAAGCTCCAGGACAGATTGATGTTACTGATTTAAAAGCACAAGTGACTTTATACTAATAAAATGAATTAGGT‑TGCTTTTGTGTAAGTGCTGTCTTATAATTGAGAAGTATTATCATTGTTCGTGGAGGAGCGATTT > CP000730/888198‑888474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |