| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,218,734 | A→C | 6.0% | intergenic (+225/+38) | USA300HOU_1145 → / ← fbpA | possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/fibrinogen‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,218,734 | 0 | A | C | 6.0% | 228.7 / 6.5 | 77 | intergenic (+225/+38) | USA300HOU_1145/fbpA | possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/fibrinogen‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/33); new base C (2/3); total (40/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
AGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGGTT > CP000730/1218596‑1218872 | aGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGactact < 2:475379/141‑1 (MQ=255)aGCATTTTAGTTTCACCCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGactact < 1:486890/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTActttc < 1:467574/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTActttc < 2:436891/141‑1 (MQ=255) tAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCtt‑tt < 1:403078/141‑1 (MQ=255) gTTTCACTCGTTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑Ttgt > 1:957632/1‑141 (MQ=255) tttCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCctttcttatggtg < 1:950053/141‑7 (MQ=37) cACTCATTTTTAAAATCACAAATAAAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTGGTAATTAACGCGTTAAATAAGAAATAGACGCCTCACCATGCGGATTGACTTCTTTCTT‑Ttgctttg < 2:331144/141‑6 (MQ=255) cACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGTAGTCCTTTCTT‑Atggtgag > 2:512678/1‑136 (MQ=38) tCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGgtgt < 2:263923/141‑1 (MQ=255) ttttAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGTAGTCCTTTCTTATGGTGAGGTGTTTa < 1:512678/141‑1 (MQ=38) tttAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTAtt < 1:1082121/141‑1 (MQ=255) ttAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTAttt < 2:966766/141‑1 (MQ=255) ttAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTAttt < 1:690849/141‑1 (MQ=255) tAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTg > 1:417153/1‑141 (MQ=255) 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1:345013/141‑1 (MQ=255) tttAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCa < 1:345001/141‑1 (MQ=255) aaaCACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATc < 2:498664/141‑1 (MQ=255) aaaCACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATc > 2:247612/1‑141 (MQ=255) acacGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAg < 2:983649/141‑1 (MQ=255) cacGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTC‑GCAAAAGAAAGTAGTCCTTTCTTATGGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATAATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAgg < 2:296676/141‑1 (MQ=25) 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1:972385/1‑141 (MQ=255) tACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAg < 2:1082219/141‑1 (MQ=255) tCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATa > 2:220865/1‑141 (MQ=255) cGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATAc < 2:364981/141‑1 (MQ=255) cGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATAc < 1:925660/141‑1 (MQ=255) aaTGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGtt < 1:25775/141‑1 (MQ=255) aTGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGttt > 2:165322/1‑141 (MQ=255) gAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGttttt < 2:502121/141‑1 (MQ=255) aCGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTg > 1:797330/1‑141 (MQ=255) cATTAAATAATAAATAACCACCTCACCATAAGAAAGAACTACTTTCTT‑TGGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGAGTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTTTAGCATACAAAGTTTTTTGAtt < 2:535074/141‑1 (MQ=255) cATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGAtt < 1:1078256/141‑1 (MQ=255) cATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGAtt < 1:1020932/141‑1 (MQ=255) aTTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTTAATAATTTTATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTg > 2:584137/1‑141 (MQ=255) aTTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTg > 1:345057/1‑141 (MQ=255) ttAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGt < 1:359457/141‑1 (MQ=255) aaataataaataaACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCa > 1:433713/1‑141 (MQ=255) aataataaataaACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCat > 1:360034/1‑141 (MQ=255) 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2:565242/1‑141 (MQ=255) cTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTTTATTTTTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAgg > 2:387159/1‑141 (MQ=255) ccATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCttt > 2:278832/1‑141 (MQ=255) cATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTg < 2:149359/141‑1 (MQ=255) aGATAGGACTACATTCTT‑TTGTGATTTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCAcc < 1:97993/141‑1 (MQ=255) aGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCtttaaaca > 1:163/1‑136 (MQ=255) 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2:238366/1‑141 (MQ=255) aaaGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTg < 1:743703/141‑1 (MQ=255) aaGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGa < 1:749704/141‑1 (MQ=255) aaGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCAAACAAAGTTTTTTGATTTTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGa > 1:541790/1‑141 (MQ=255) ctactTTCTT‑TTGTGGGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGGtt < 2:759257/141‑1 (MQ=255) | AGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGGTT > CP000730/1218596‑1218872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |