| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,481,732 | C→T | 6.0% | T6764T (ACG→ACA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,481,732 | 0 | C | T | 6.0% | 355.8 / 6.7 | 114 | T6764T (ACG→ACA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/52); new base T (3/4); total (58/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTG > CP000730/1481592‑1481871 | cGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTc > 2:288236/1‑141 (MQ=255)cGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTc > 1:1051564/1‑141 (MQ=255) ccATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGtt < 2:700764/141‑1 (MQ=255) ccATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGttt < 1:168254/141‑1 (MQ=255) gCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGc < 1:282195/141‑1 (MQ=255) tGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTGTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCGTTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑ttt < 2:932252/141‑1 (MQ=255) tCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTa > 2:331526/1‑141 (MQ=255) cggtagTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTAtt < 2:54687/136‑1 (MQ=255) ttCATCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTaa < 2:831697/141‑1 (MQ=255) tCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAg > 2:127160/1‑141 (MQ=255) tCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAg > 2:127170/1‑141 (MQ=255) cAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGt < 1:231039/141‑1 (MQ=255) aGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGTGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTGTTTAAATGACTTAATCGGTTGATGTTAGCAGTTGTTTCTTGC‑TTTTTATTTGCTAAGtt > 2:625324/1‑141 (MQ=255) aGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGtt > 2:1003816/1‑141 (MQ=255) gCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGttt > 1:1073463/1‑141 (MQ=255) cTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGTGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTGTTTAAATGACTTAATCGGTTGATGTTAGCAGTTGTTTCTTGC‑TTTTTATTTGCTAAGtttt > 1:1073762/1‑141 (MQ=255) tAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTtgtg < 2:304881/141‑1 (MQ=255) aGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGc > 2:946446/1‑141 (MQ=255) gTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTCGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCa > 1:284259/1‑141 (MQ=255) ttttCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCAc > 1:357499/1‑141 (MQ=255) ttCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTTGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCa < 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1:1063714/1‑141 (MQ=255) tgCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGt > 1:636183/1‑141 (MQ=255) gCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGtt < 1:683191/141‑1 (MQ=255) ata‑tTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTg < 2:924208/141‑1 (MQ=255) ta‑tTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGc < 2:870615/141‑1 (MQ=255) atctttGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTACATGACTTAGTTGCTTGATGTTCGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTg < 1:269796/138‑1 (MQ=255) 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1:755096/141‑1 (MQ=255) tttGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTa > 2:635345/1‑141 (MQ=255) tttGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTa < 1:457996/141‑1 (MQ=255) tttGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTa > 2:736943/1‑141 (MQ=255) gTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAgct < 2:72329/141‑1 (MQ=255) tCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAgctg > 1:729620/1‑141 (MQ=255) tCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAgctg > 1:169109/1‑141 (MQ=255) cTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCtt < 2:1082817/141‑1 (MQ=255) cTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCtt > 1:157359/1‑141 (MQ=255) ttGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTtg < 1:477868/141‑1 (MQ=255) ttGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTtg < 2:357499/141‑1 (MQ=255) gCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTtgtg > 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attTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTg > 1:795538/1‑141 (MQ=255) ttAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGAc < 1:161833/141‑1 (MQ=255) tAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACt > 2:818679/1‑141 (MQ=255) aaTGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCg > 2:326146/1‑141 (MQ=255) aaTTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTa > 2:36949/1‑141 (MQ=255) aTTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTaa < 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gTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGat < 2:612091/141‑1 (MQ=255) tGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGatat > 1:976448/1‑141 (MQ=255) tGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGatat > 2:465260/1‑141 (MQ=255) aGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGCTTAGCTGCTTGTGTTAATGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGCCTCGTTGCATTAATGATCTTTTCAGc > 2:593388/1‑141 (MQ=255) gCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCa > 2:162891/1‑141 (MQ=255) gCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCa > 2:594263/1‑141 (MQ=255) cAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCAt > 1:861574/1‑141 (MQ=255) tCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTg < 1:169201/141‑1 (MQ=255) | CGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATA‑TTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTG > CP000730/1481592‑1481871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |