| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,503,111 | A→G | 7.6% | I234I (ATT→ATC) | norB ← | MFS family major facilitator transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,503,111 | 0 | A | G | 7.6% | 248.1 / 7.8 | 89 | I234I (ATT→ATC) | norB | MFS family major facilitator transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/44); new base G (4/3); total (42/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAATAAAAAGAAGTGAGGTTACACCTAATTCTGATCCTTTAGTAATTAAAATATTTAAACTGAGGAGCATAATGACTAAAAGAACCAGACCTTTAATGTCAAATTTATTTAGAGAAATCGATTTAGATTTAGTTTCAGGTGT > CP000730/1502973‑1503251 | aTTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGtaat < 1:679390/141‑1 (MQ=255) tAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAATaaa < 2:71734/141‑1 (MQ=255) tAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAATaaa < 2:45279/141‑1 (MQ=255) aaCAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAATaaaa > 2:547207/1‑141 (MQ=255) 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ATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACT‑AAAAGATCCAATTGCAATAGCTAATAAAGTAATAAAAAGAAGTGAGGTTACACCTAATTCTGATCCTTTAGTAATTAAAATATTTAAACTGAGGAGCATAATGACTAAAAGAACCAGACCTTTAATGTCAAATTTATTTAGAGAAATCGATTTAGATTTAGTTTCAGGTGT > CP000730/1502973‑1503251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |