| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,935,301 | C→A | 5.5% | intergenic (‑54/+1092) | USA300HOU_1798 ← / ← hsdS2 | hypothetical protein/type I site‑specific deoxyribonuclease specificity subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,935,301 | 0 | C | A | 5.5% | 215.0 / 2.6 | 75 | intergenic (‑54/+1092) | USA300HOU_1798/hsdS2 | hypothetical protein/type I site‑specific deoxyribonuclease specificity subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/39); new base A (2/2); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
GGATTTGAAAAATTCTTATTTTTAATATTATTATTTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGTATTATCTATAAGATCAAAT‑GCTGGTGCATTTTTTTGTTTTTTATTATGATTCTCAAGTGAATACCCATATACAATATTTAACAGGTCTCTAAAAAAATATTCGGAATA > CP000730/1935168‑1935441 | ggATTTGAAAAATTCTTATTTTTAATATTATTATTTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCgg < 2:851688/141‑1 (MQ=255)ggATTTGAAAAATTCTTATTTTTAATATTATTATTTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAAGTCTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCgg < 2:836960/141‑1 (MQ=255) tttGAAAAATTCTTATTTTTAATATTATTATTTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCGGTaa > 2:317315/1‑141 (MQ=255) aTTCTTATTTTTAATATTATTATTTTGATTTCCAATAAATATAATCTTTAATCGATAATCTTCTTCCTTTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTATAGTGTCCTCTATTTTTTTCTTTTTTCACTTTGCGGTAACTTGaata > 1:683364/1‑141 (MQ=255) 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1:569636/141‑1 (MQ=255) tattattatTTTGTTTTCCAATAAATATAAACTTTATTCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGt < 1:597832/141‑1 (MQ=255) tattattTTGATTTCCAATCAATATAAACTTTACTCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGtatt < 2:443928/141‑1 (MQ=255) tattattTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGTTTTTTACACGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGtctt > 2:790031/1‑141 (MQ=255) attattTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGtatta > 2:203784/1‑141 (MQ=255) attattTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGtatta < 1:844171/141‑1 (MQ=255) 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1:714218/141‑1 (MQ=255) acGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGTATTATCTATAAGATCAAAT‑GCTGGTGCATTTTTTTGTTTTTTATTATGATTCTCAAGTGAATACCCATATACAATATTTAACAGGTCTCTAAAAAAATATTCGGAat > 1:506507/1‑141 (MQ=255) cGTTGTGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGTATTATCTACATATTCATTTCTTTGGTG‑TTTTTGGTGTTTTTTATTATGATTCTCAAGTGAATACCCATATACAATATTTAATAGGTCTCTAAAAAAATATTCGGAata < 1:431954/141‑1 (MQ=255) | GGATTTGAAAAATTCTTATTTTTAATATTATTATTTTGATTTCCAATAAATATAAACTTTAATCGATAACCTTCTTCCATTTTATTTGTTAAATACTC‑TTTTTTAGAGTGTCCTCTATTTTTTGCTTTTTACACGTTGCGGTAACTTGAATAATAATTTTATTCGTATTATCTATAAGATCAAAT‑GCTGGTGCATTTTTTTGTTTTTTATTATGATTCTCAAGTGAATACCCATATACAATATTTAACAGGTCTCTAAAAAAATATTCGGAATA > CP000730/1935168‑1935441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |