| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,160,679 | A→T | 5.4% | intergenic (‑3432/‑49) | USA300HOU_2042 ← / → mutS2 | hypothetical membrane protein/possible DNA mismatch repair protein MutS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,160,679 | 0 | A | T | 5.4% | 224.3 / 2.3 | 73 | intergenic (‑3432/‑49) | USA300HOU_2042/mutS2 | hypothetical membrane protein/possible DNA mismatch repair protein MutS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/36); new base T (2/2); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
GATATCCACAATAAATGACGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTACATCTGTAATAGGAATTGTTGGACGATACATGAGTC > CP000730/2160540‑2160815 | gATATCCACAATAAATGACGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAaat‑aataataat > 2:67011/1‑141 (MQ=255) tatCCACAATAAATGACGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTCAAGAAAT‑AATAATAatat > 1:332845/1‑141 (MQ=255) tatCCACAATAAATGACGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTATCAATGATAA‑GATAATAatat > 1:332260/1‑141 (MQ=255) tCCACAATAAATGACGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTg < 1:736177/141‑1 (MQ=255) 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1:2159/1‑141 (MQ=255) tGACGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATAtttt > 2:648513/1‑141 (MQ=255) aCGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTtta < 1:185070/141‑1 (MQ=255) gTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACACTTTCTTTATGAAAT‑AATAATATTATTGAAGTATATTTttatt > 2:25899/1‑141 (MQ=255) ttATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTttattt > 2:706704/1‑140 (MQ=255) cAACACATTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTttattattat < 2:239626/141‑1 (MQ=255) 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1:801597/1‑128 (MQ=255) tATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCCTGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAaaataaa > 2:433999/1‑141 (MQ=255) tATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAaaataaa > 1:738463/1‑141 (MQ=255) aTCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAaaataaat > 1:433456/1‑141 (MQ=255) aaGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAgggg > 1:1002819/1‑141 (MQ=255) aaGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAgggg > 1:354771/1‑141 (MQ=255) 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1:700416/1‑141 (MQ=255) ttCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATTTTTTTTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTTTTATTATTAAAATTAAATAATGGGATACtt > 2:853119/1‑141 (MQ=255) tCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATTTTTATTTATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTa > 2:172804/1‑141 (MQ=255) tCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTa > 1:258732/1‑141 (MQ=255) tCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTa > 2:894872/1‑141 (MQ=255) aCTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATg < 2:819861/141‑1 (MQ=255) 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2:286133/141‑1 (MQ=255) gCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACAtttt < 1:441584/141‑1 (MQ=255) aTGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTa > 1:143457/1‑141 (MQ=255) tGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCACAATTCCTTGTTAAGACATTTTCATTCTGAAGTCAATCTTCA‑CTAGAAGTGTATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTaa < 1:647860/141‑1 (MQ=255) tGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTaa > 1:198343/1‑141 (MQ=255) ttCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACACTTTCTTTATGAAAT‑AATAATATTATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGAGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAata > 2:780356/1‑141 (MQ=255) 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2:729465/1‑141 (MQ=255) tCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTAc > 2:685466/1‑141 (MQ=255) tCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTAc > 1:116792/1‑141 (MQ=255) tCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTAc > 2:280878/1‑141 (MQ=255) aaaTTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTa < 1:951350/141‑1 (MQ=255) aaTTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTAc < 1:838854/141‑1 (MQ=255) 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2:738463/141‑1 (MQ=255) cTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTACATCTGTAATAGGAATTGTTgg < 1:92549/141‑1 (MQ=255) cTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTACATCTGTAATAGGAATTGTTgg > 1:705829/1‑141 (MQ=255) tttATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTACATCTGTAATAGGAATTGTTGGa > 1:153823/1‑141 (MQ=255) gAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTACATCTGTAATAGGAATTGTTGGACGATa > 1:699779/1‑141 (MQ=255) gAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTACATCTGTAATAGGAATTGTTGGACGATa > 1:576332/1‑141 (MQ=255) 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GATATCCACAATAAATGACGTTATCAACACCTTTTATCCACAAGTTATTCACTCTTTGTTGATAAGTACGCATGTTCTCTATTGACATTGTTTTTATCAAAATTCATTGTTAAGACATTTTCTTTATGAAAT‑AATAATAATATTGAAGTATATTTTTATTATTATTAAAAATAAATAAGGGGATACTTATGAGCACAAATCAAACATTTTTAATATTTGTTATAGCAATTATTCTACTTACATCTGTAATAGGAATTGTTGGACGATACATGAGTC > CP000730/2160540‑2160815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |